预缴税款是合法的。以下是对这一问题的详细解答：

首先，从政策层面来看，财政部和税务总局已经发布了《增值税预缴税款管理办法》，这一公告明确规定了增值税预缴税款的相关制度和做法，并自特定日期（如2026年1月1日，具体以实际公告为准）起施行。这表明，预缴税款是依据国家税收法律法规进行的，具有合法性。

其次，在实际操作中，按照现行规定应当预缴增值税税款的纳税人，在预缴时需要填写《增值税及附加税费预缴表》，并对其填报内容的真实性负责。这一流程确保了预缴税款的规范性和准确性，也进一步体现了预缴税款的合法性。

再者，对于预缴税款的具体操作，如预缴地实现的月销售额的计算、多个建筑项目销售额的合并判断、按季申报的增值税小规模纳税人异地项目的预缴规定等，都有明确的政策指导和规定。这些规定确保了预缴税款的公平性和合理性，也保护了纳税人的合法权益。

此外，如果纳税人在预缴地实现的月销售额未超过一定标准（如10万元），则当期无需预缴税款，且已预缴的税款还可以申请退还。这一政策体现了国家对小规模纳税人的扶持和照顾，也进一步证明了预缴税款制度的合法性和合理性。

综上所述，预缴税款是依据国家税收法律法规进行的，具有合法性。纳税人在进行预缴税款时，应严格按照政策规定和操作流程进行，以确保自身的合法权益得到保障。如果您在预缴税款过程中遇到任何问题或疑问，建议及时咨询当地税务机关或专业税务人士以获取准确和专业的解答。