关于借名合同中的违约金和运费承担问题，需要分情况讨论，具体如下：
一、借名合同违约金的承担
合同有明确约定：
- 如果借名合同中明确约定了违约金的数额或计算方式，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么违约方应当按照合同约定承担违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。”
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定违约金，那么违约方通常不需要支付违约金，但可能需要承担因违约给对方造成的实际损失。
- 实际损失的计算：这通常包括直接损失和间接损失，如因违约导致的额外费用、利润损失等。具体数额需要根据实际情况进行评估和计算。
违约金过高或过低的调整：
- 如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条第二款：“约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”
二、运费的承担
合同有明确约定：
- 如果借名合同中明确约定了运费的承担方，那么应当按照合同约定执行。例如，合同可能规定运费由借名方承担，或者由实际使用方承担。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定运费的承担方，那么通常需要根据交易习惯、行业惯例或公平原则来确定。
- 交易习惯或行业惯例：在某些行业或地区，可能存在特定的交易习惯或行业惯例，这些习惯或惯例可能规定了运费的承担方式。
- 公平原则：如果无法根据交易习惯或行业惯例确定运费的承担方，那么可以考虑根据公平原则来分配运费。例如，如果借名行为主要是为了借名方的利益，那么借名方可能应当承担运费；反之，如果借名行为主要是为了实际使用方的利益，那么实际使用方可能应当承担运费。
建议：
- 在签订借名合同时，应当尽可能明确约定违约金的数额或计算方式以及运费的承担方，以避免后续纠纷。
- 如果合同中没有明确约定，双方应当友好协商解决争议。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决，如向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
最后，借名合同中的违约金和运费承担问题需要根据合同的具体约定以及相关法律法规进行综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。