乡镇渔船擅自进行捕捞被抓，将面临行政处罚，情节严重的可能构成刑事犯罪。具体处理方式需结合实际情况判断，以下是详细分析：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国渔业法》第三十八条，未依法取得捕捞许可证擅自进行捕捞的，将面临以下处罚：

   • 没收渔获物和违法所得；
     
   • 处五万元以下罚款；
     
   • 情节严重的，没收渔具，吊销捕捞许可证；
     
   • 情节特别严重的，可以没收渔船。
     若渔船属于“三无”船舶（无船名船号、无船舶证书、无船籍港），还可能被依法没收、拆解。

2. 刑事犯罪层面
   若擅自捕捞行为符合《中华人民共和国刑法》第三百四十条“非法捕捞水产品罪”的构成要件，将面临刑事处罚：

   • 情节严重（如违反保护水产资源法规，在禁渔区、禁渔期或使用禁用工具、方法捕捞，且渔获物价值较大）：
     处三年以下有期徒刑、拘役、管制或罚金；
     
   • 情节特别严重（如多次非法捕捞、造成重大生态损失）：
     处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
     司法实践中，是否构成犯罪需结合捕捞时间、地点、工具、渔获物价值等综合判断。

3. 其他可能后果

   • 生态修复责任：根据《民法典》第一千二百三十二条，若捕捞行为破坏生态，可能需承担修复费用或赔偿损失；
     
   • 信用惩戒：部分地区会将非法捕捞行为纳入个人信用记录，影响贷款、就业等。

建议：若渔船已被查处，需尽快配合调查，主动说明情况（如是否首次违法、渔获物数量等），争取从轻处理。如有疑问或需进一步帮助，可直接向我咨询具体法律问题。