在征地案件涉及多个行政机关时，核心处理原则是明确各机关职责、理清法律关系，通过合法程序维护权益。具体处理方式如下：

1. 明确各行政机关的职责范围
   征地案件中可能涉及的行政机关包括自然资源部门（原国土部门）、乡镇政府、农业农村部门、城市管理部门等。例如：

   • 自然资源部门负责土地征收审批、补偿标准制定；
     
   • 乡镇政府可能参与具体征收实施；
     
   • 农业农村部门涉及农村集体土地管理；
     
   • 城市管理部门可能涉及违法占地查处。
     关键点：需通过政府信息公开、查阅征收文件等方式，确认各机关的具体职责，避免“找错门”。

2. 区分行政行为的性质与责任主体
   若多个机关共同作出某一行政行为（如联合发文征收），则属于共同行政行为，需以共同机关为被告；若各机关分别作出独立行为（如审批、实施、监督），则需针对具体行为分别维权。
   示例：若自然资源部门批准征收，但乡镇政府强制拆除房屋，则需分别对批准行为和强拆行为提起诉讼或复议。

3. 选择正确的维权程序

   • 行政复议：可向共同上级机关申请复议（如对市、县两级部门行为不服，可向省政府申请复议）；
     
   • 行政诉讼：根据被告确定管辖法院（如县级政府为被告，由中级人民法院管辖）；
     
   • 投诉举报：对行政机关不作为或违法，可向其上级机关或监察部门投诉。
     注意：程序选择需结合案件具体事实，避免因程序错误导致维权受阻。

4. 同步推进法律程序与协商谈判
   在通过法律程序维权的同时，可尝试与主导征收的机关（如地方政府或自然资源部门）协商补偿方案。法律程序可为谈判提供筹码，但需避免因拖延错过诉讼时效（如行政诉讼起诉期限为6个月）。

5. 注意证据收集与固定
   需重点收集以下证据：

   • 征收公告、补偿方案等文件；
     
   • 行政机关作出的决定书、通知书等书面材料；
     
   • 强制拆除现场照片、视频；
     
   • 与行政机关沟通的录音、聊天记录。
     提示：证据需原始载体，复印件需与原件核对无误。

总结：征地案件涉及多机关时，需先理清各机关职责与行为性质，再选择对应程序维权。建议根据案件进展分阶段处理，优先通过法律程序明确责任主体，再通过协商或诉讼解决实质争议。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。