结论前置：针对您在美容院充值后想申请退款，但美容院以员工提成为由要扣除部分款项的情况，若双方未签订不可退换合同，您有权要求美容院全额退款，美容院不得以员工提成为由拒绝或扣除款项。
法律背景与解释：
合同关系与退款权利：
- 您与美容院之间形成了服务合同关系，您支付充值金，美容院提供美容服务。
- 在未签订不可退换合同的情况下，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，您有权在合理期限内要求解除合同并退款。美容院不得以格式条款等方式排除或限制您的这一权利。
员工提成与退款无关：
- 美容院以员工提成为由要扣除部分款项，这一理由在法律上是不成立的。员工提成是美容院内部的管理和激励机制，与您作为消费者的退款权利无关。
- 美容院不能将其内部成本或费用转嫁给消费者，更不能以此为由拒绝或扣除消费者的退款。
法律建议与行动步骤：
与美容院协商：
- 首先，您可以尝试与美容院进行友好协商，明确表达您的退款意愿和理由。
- 指出美容院以员工提成为由扣除款项是不合理的，要求美容院全额退款。
收集证据：
- 如果协商无果，您需要收集相关证据来支持您的退款请求。
- 证据可以包括充值凭证、服务合同（如有）、与美容院的沟通记录等。
向消费者协会投诉：
- 您可以向当地的消费者协会投诉美容院的行为，寻求消费者协会的帮助和支持。
- 消费者协会可能会介入调解，促使美容院同意退款。
提起诉讼：
- 如果以上步骤均无法解决问题，您可以考虑向法院提起诉讼，要求美容院全额退款并承担相关诉讼费用。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明您的主张。
可能法律后果：
- 如果美容院坚持拒绝退款或扣除款项，且您通过法律途径维权成功，美容院可能需要承担退款责任，并可能因违反消费者权益保护法规而受到行政处罚。
- 同时，美容院的行为也可能影响其声誉和信誉，对未来的经营产生不利影响。
进一步思考：
- 在未来的消费过程中，建议您在充值或签订服务合同前仔细阅读合同条款，特别是关于退款和违约责任的部分。
- 如果对合同条款有疑问或不明确的地方，及时向美容院或专业律师咨询，以避免类似纠纷的发生。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。