若您对公司扣款有异议，可按照以下步骤处理并回复公司：

1. 核实扣款依据与事实
   首先，您需要明确公司扣款的具体依据（如劳动合同、规章制度、考勤记录等）以及扣款事实是否属实。例如，若公司以“迟到”为由扣款，您需核对考勤记录是否准确，或是否存在特殊情况（如交通意外、突发疾病等）导致迟到。若扣款依据不充分或事实存在争议，您有权提出异议。

2. 与公司协商沟通
   在核实情况后，建议您以书面形式（如邮件、书面函件）向公司提出异议，内容需包括：

   • 明确异议点：指出扣款的具体项目、金额及您认为不合理的原因（如依据不足、事实错误等）；
     
   • 提供证据：附上相关证据（如考勤记录、医疗证明、交通票据等），证明扣款缺乏合理性；
     
   • 要求答复：明确要求公司在合理期限内（如5个工作日内）回复并说明扣款依据，或撤销不合理扣款。
     示例回复模板：
     > “关于公司于XX年XX月XX日扣除我工资XX元的决定，我对此存在异议。根据《劳动合同》第X条及公司《薪酬管理制度》第X条，扣款需以‘严重违反规章制度’为前提，但本次扣款事实（如迟到XX分钟）未达到制度规定的标准。现附上考勤记录及情况说明，请公司于5个工作日内核实并撤销不合理扣款，否则我将依法维权。”

3. 通过法律途径维权
   若公司拒绝回复或坚持扣款，您可采取以下措施：

   • 向劳动监察部门投诉：携带劳动合同、工资条、扣款通知等材料，向当地劳动保障监察大队举报公司违法扣款行为；
     
   • 申请劳动仲裁：若投诉无果，可向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，要求公司返还被扣工资并赔偿损失（如因扣款导致的经济困难）；
     
   • 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院起诉，通过司法程序维护权益。
     

注意事项：

• 保留证据：所有沟通记录（邮件、聊天记录等）、工资条、考勤记录等均需留存，作为维权依据；
  
• 时效性：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，需及时行动；
  
• 合法合规：维权过程中需避免采取过激行为（如扰乱公司秩序），以免承担法律责任。
  

若您需要进一步协助（如审核异议函、分析证据等），可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业建议。