如果法院通过笔迹鉴定认定借条是你所写，但你确实没有写过，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
申请重新鉴定：
- 如果你对鉴定结果有异议，可以在法院规定的期限内提出重新鉴定的申请。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关规定，当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格、鉴定程序严重违法、鉴定结论明显依据不足等情形的，人民法院应予准许。
- 在申请重新鉴定时，你需要提供充分的理由和证据，以支持你的申请。例如，你可以指出原鉴定过程中可能存在的程序瑕疵、鉴定人员资质问题，或者提供其他可能影响鉴定结果的线索。
提供反证：
- 除了申请重新鉴定外，你还可以积极收集并提交其他证据，以证明借条并非你所写。这些证据可以包括但不限于：你当时的笔迹样本、证人证言、监控录像等。
- 例如，如果你能提供你在借条形成时间前后的其他笔迹样本，且这些样本与借条上的笔迹存在明显差异，那么这可能成为证明借条非你所写的有力证据。
强调鉴定结论的局限性：
- 笔迹鉴定虽然是一种科学的鉴定方法，但其结果并非绝对准确。鉴定结论可能受到多种因素的影响，如鉴定人员的专业水平、鉴定样本的质量、鉴定条件的限制等。
- 因此，在法庭上，你可以强调鉴定结论的局限性，并请求法庭结合其他证据进行综合判断。
寻求专业法律帮助：
- 面对复杂的法律程序和鉴定问题，你可能需要寻求专业律师的帮助。律师可以为你提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助你更好地维护自己的合法权益。
- 律师可以协助你分析案情、收集证据、准备法律文书等，并在法庭上为你进行辩护和陈述。
在处理此类案件时，你还需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：面对鉴定结果和法院的判决，你需要保持冷静和理性，不要采取过激的行为或言论。通过合法途径来维护自己的权益是最明智的选择。
- 积极配合法院工作：在诉讼过程中，你需要积极配合法院的工作，如按时出庭、提供证据等。这有助于加快案件的审理进程，并维护你的合法权益。
- 关注案件进展：你需要密切关注案件的进展情况，及时了解法院的判决结果和后续处理措施。如果对判决结果有异议，你可以在法定期限内提出上诉或申请再审。
如果最终法院仍然认定借条是你所写，并判决你承担相应的法律责任，你可以考虑以下后续措施：
- 如果认为判决有误，可以依法上诉：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对地方人民法院第一审判决不服的，可以在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉。
- 如果判决已经生效，可以依法申请再审：如果判决已经生效，但你认为判决存在错误，你可以依法向人民法院申请再审。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。
总之，面对法院通过笔迹鉴定认定借条是你所写的情况，你需要保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。