关于双方协议设立的居住使用权未备案登记是否有法律效力的问题，结论如下：
居住使用权协议的法律效力基础
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（包括居住使用权协议）的效力主要取决于其是否满足成立和生效的要件，而非是否进行了备案登记。具体来说，合同成立的要件是当事人均签名、盖章或者按指印；而合同生效则要求内容合法、不违反公序良俗，且双方具有相应的民事行为能力。
- 在您的情况下，如果双方已经就居住使用权达成了协议，并且双方都在协议上签名或按了手印（或采取了其他法律认可的确认方式），那么这份协议在形式上就已经成立了。只要协议内容真实、合法，且双方具有相应的民事行为能力，该协议就具有法律效力。
备案登记对居住使用权协议的影响
- 备案登记通常是为了增强合同的公示性和公信力，便于第三方查询和了解合同内容，但它并不是合同生效的必要条件。也就是说，即使居住使用权协议没有进行备案登记，也不影响其本身的法律效力。
- 然而，需要注意的是，如果相关法律法规或地方政策对居住使用权协议的备案登记有特别规定（例如，某些地区可能要求居住使用权协议必须备案登记才能对抗第三人），那么在这些特定情况下，备案登记就可能成为影响协议效力的一个因素。但这种情况并不普遍，且具体规定会因地区和政策而异。
未备案登记可能带来的风险
- 尽管未备案登记不影响居住使用权协议的法律效力，但它可能增加一些潜在的风险。例如，如果协议的一方违反了协议约定，另一方在寻求法律救济时可能会面临一些额外的困难，因为缺乏备案登记可能使得协议的内容难以被第三方（如法院）直接确认。
- 此外，如果协议涉及到的房产存在其他权利纠纷（如产权纠纷、抵押纠纷等），未备案登记的居住使用权协议可能无法在这些纠纷中起到充分的保护作用。
建议
- 为了降低潜在风险并增强协议的公示性和公信力，建议您在签订居住使用权协议后，尽快按照相关法律法规或地方政策的要求进行备案登记。
- 如果您对备案登记的具体流程或要求不清楚，可以向当地的房地产管理部门或相关机构咨询，以确保协议的合法性和有效性。
总结来说，双方协议设立的居住使用权即使未进行备案登记，只要满足合同成立和生效的要件，仍然具有法律效力。但为了降低潜在风险并增强协议的公示性和公信力，建议您在签订后尽快进行备案登记。如果您在居住使用权协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。