结论：两人同居恋爱期间双方自愿签字的协议，从法律角度讲，可以由一方保管，但为了确保协议的完整性和避免未来可能出现的争议，建议双方各执一份或进行其他形式的妥善保存。

详细分析：

1. 协议的法律效力：

   • 双方自愿签字的协议，在符合法律规定的情况下，是具有法律效力的。这意味着，一旦协议内容被违反，受损方有权依据协议内容寻求法律救济。
   • 协议的法律效力并不取决于其由哪一方保管，而是取决于协议的内容是否合法、双方是否自愿签署、以及签署时是否具备相应的民事行为能力等因素。

2. 协议保管的考虑因素：

   • 完整性：如果协议仅由一方保管，存在因保管不善（如丢失、损坏）而导致协议内容无法完整呈现的风险。这可能会在未来出现争议时，给受损方带来举证上的困难。
   • 信任基础：在同居恋爱关系中，双方通常基于一定的信任基础签署协议。然而，随着关系的可能变化，这种信任基础可能会受到动摇。如果协议仅由一方保管，另一方可能会对协议的完整性和真实性产生疑虑。
   • 未来争议解决：如果未来出现争议，双方需要依据协议内容来解决问题。如果协议仅由一方保管，另一方可能无法及时获取协议内容，从而影响争议的解决效率。

3. 建议的保管方式：

   • 双方各执一份：这是最为稳妥的保管方式。双方各自保留一份协议原件，可以确保协议的完整性和真实性，也便于在未来出现争议时及时举证。
   • 第三方保管：如果双方信任某个第三方（如共同的朋友、律师等），也可以考虑将协议原件交由第三方保管。这种方式同样可以确保协议的完整性，但需要确保第三方的可靠性和中立性。
   • 电子备份：除了纸质原件外，双方还可以考虑将协议内容扫描或拍照后保存在电子设备中，作为备份。但需要注意的是，电子备份可能存在被篡改的风险，因此应确保备份的真实性和完整性。

4. 法律后果：

   • 如果协议因保管不善而丢失或损坏，且无法通过其他方式证明协议内容，那么受损方可能会因此无法获得法律救济。
   • 如果协议内容被篡改或伪造，且无法证明其真实性，那么相关条款可能会被视为无效，从而影响受损方的权益。

总结与建议：

为了确保协议的完整性和避免未来可能出现的争议，我建议双方在签署协议后，各自保留一份原件或考虑将协议交由可靠的第三方保管。同时，双方也可以考虑将协议内容进行电子备份，但应确保备份的真实性和完整性。如果有任何关于协议保管或法律效力的疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。