结论：同居协议中约定“存款在谁名下就归谁所有”的条款，其法律效力及实际执行效果需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从多个角度进行详细阐述：

1. 协议的法律效力：

   • 合法性：同居协议，若双方均为完全民事行为能力人，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议是合法有效的。因此，关于存款归属的约定，在符合上述条件的情况下，是具有法律效力的。
   • 约定优先：在合法有效的前提下，同居协议中的约定优先于法定财产制。即，如果双方有明确约定，且该约定不违反法律强制性规定，那么存款的归属应按照协议执行。

2. 存款的实际情况：

   • 存款来源：如果存款是双方共同劳动、经营所得，或者一方以个人财产投入但双方有共同使用的意图，那么仅凭存款在谁名下可能不足以确定其归属。此时，需要综合考虑存款的来源、用途、双方的经济状况等因素。
   • 举证责任：在争议发生时，主张存款归属的一方需要承担举证责任，证明存款确实应归其所有。这可能包括提供存款的来源证明、双方的经济往来记录等。

3. 可能的法律后果：

   • 协议履行：如果协议合法有效，且双方均按照协议履行，那么存款将按照协议约定归属。
   • 协议变更或撤销：如果一方或双方认为协议存在重大误解、显失公平等情形，可以请求人民法院或仲裁机构变更或撤销协议。但变更或撤销协议需要满足一定的法律条件，并经过法定程序。
   • 诉讼风险：如果双方无法就存款归属达成一致，且无法通过协商、调解等方式解决争议，那么可能需要通过诉讼途径解决。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定，对存款的归属作出判决。

4. 建议：

   • 明确约定：为了避免未来可能出现的争议，建议在同居协议中明确约定存款的归属、管理、使用等事项。约定应尽可能详细、具体，并考虑到各种可能的情况。
   • 保留证据：在日常生活中，双方应保留好与存款相关的证据，如存款凭证、转账记录、收入证明等。这些证据在争议发生时将起到至关重要的作用。
   • 咨询专业律师：如果双方对同居协议的签订、履行或解释存在疑问，或者已经发生了争议，建议及时咨询专业律师。律师将根据具体情况提供法律意见和解决方案。

示例：假设甲和乙是同居关系，他们签订了一份同居协议，约定“双方在同居期间所得的存款，无论登记在谁名下，均视为双方共同财产”。后来，甲以个人名义存入了一笔款项，但乙认为该款项是双方共同劳动所得，应归双方共同所有。此时，如果甲无法证明该款项是其个人财产，且协议中有明确约定，那么该款项应视为双方共同财产。

总结：同居协议中关于存款归属的约定，其法律效力及实际执行效果需结合具体情况分析。为了确保协议的合法性和有效性，并避免未来可能出现的争议，建议双方在签订协议时明确约定相关事项，并保留好相关证据。如有任何疑问或争议，请及时向我咨询。