财产协议中约定存款归女方所有，这样的约定在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律有效性角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻双方可以就婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的归属进行约定。这种约定应当采用书面形式，并且不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。因此，如果财产协议是双方真实意思的表示，且内容合法，那么约定存款归女方所有是有效的。

二、实际操作角度

1. 协议内容明确：财产协议中应明确约定存款的归属，包括存款的金额、账户信息、归属时间等，以避免未来可能出现的争议。
2. 双方签字确认：协议应当由夫妻双方签字确认，以确保双方对协议内容的认可和接受。
3. 办理相关手续：如果存款涉及银行账户等金融资产，可能还需要到相关金融机构办理变更手续，以确保协议的实际执行。

三、可能存在的风险及防范

1. 协议被撤销或无效的风险：如果协议存在欺诈、胁迫等情形，或者内容违反法律、行政法规的强制性规定，那么协议可能被撤销或认定为无效。因此，在签订协议前，双方应充分了解协议内容，并确保协议的真实性和合法性。
2. 执行过程中的争议：即使协议有效，但在执行过程中也可能因为各种原因产生争议。例如，一方可能不配合办理变更手续，或者对存款的归属产生异议。因此，在协议中应明确约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

四、特殊情况考虑

1. 如果存款属于婚前财产：如果存款是女方婚前的个人财产，那么即使不签订财产协议，该存款也归女方所有。但签订财产协议可以进一步明确这一点，避免未来可能出现的争议。
2. 如果存款涉及第三方权益：如果存款涉及第三方权益，如共同投资、共同借款等，那么在签订财产协议时需要特别谨慎。因为协议可能无法对抗第三方的权益，导致协议无法实际执行。

建议：在签订财产协议前，双方应充分沟通、协商，并咨询专业律师的意见，以确保协议的真实性、合法性和有效性。如果未来在执行过程中遇到任何问题或争议，也可以及时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。