结论：保险公司仅理赔2000元是否合理，需结合保险合同条款、事故责任认定及实际损失情况综合判断，可能存在以下两种情形：

1. 若保险合同明确约定免赔额或按比例赔付
   需核查您购买的商业车险条款（如第三者责任险、车损险等）。若合同中明确约定了“绝对免赔额”（如每次事故免赔500元）或“按事故责任比例赔付”（如您负全责时赔付80%），且5000元修车费中包含此类条款限制，则保险公司扣除免赔部分后赔付2000元可能符合合同约定。
   建议行动：立即查阅保险合同“赔偿处理”章节，重点核对免赔额、赔付比例、绝对免赔率等条款；若合同无此类约定，保险公司行为可能涉嫌违约。

2. 若保险公司以“非医保用药”“事故无关损失”等理由拒赔
   实践中，保险公司常以“修车费中包含非事故直接损失”（如车辆原有旧损修复）或“使用非医保替代零件”为由减少赔付。但根据《保险法》第十七条，保险公司需对免责条款尽到明确说明义务，否则该条款不生效。
   关键证据：要求保险公司提供书面拒赔通知，明确拒赔理由及依据；若无法提供，或拒赔理由与事故无关（如以“车辆未年检”拒赔但事故与年检无关），则可能构成违法拒赔。

后续处理建议：

• 第一步：要求保险公司出具书面《理赔计算书》，详细列明5000元修车费中哪些项目被扣减及依据；
  
• 第二步：若对扣减有异议，可委托第三方公估机构对车辆损失进行评估（费用可要求保险公司承担）；
  
• 第三步：若协商无果，可向当地银保监会投诉（12378热线）或直接向法院起诉，主张按实际损失全额赔付。
  

特别提醒：若您仅购买交强险，其财产损失赔偿限额为2000元/次，超出部分需由商业险或个人承担。但若已购买商业险，保险公司无权以交强险限额为由拒绝赔付商业险部分。

如有进一步细节（如保险种类、事故责任认定书内容等），可随时补充说明，我将为您具体分析。