关于您提出的“停薪留职期间单位是否继续为职工缴纳社保是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和双方协议约定的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、停薪留职期间社保缴纳的合法性基础

停薪留职期间，虽然职工暂停工作并不领取工资，但其与单位的劳动关系依然存在。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这是法律对用人单位和劳动者双方的基本要求，也是保障劳动者权益的重要措施。

二、社保缴纳的具体情况分析

1. 协议有明确约定：

   • 如果职工和单位在停薪留职协议中明确约定了社保的缴纳情况，比如单位继续为员工缴纳社保，但费用中原本由单位承担的部分仍由单位缴纳，个人部分则由员工自行承担并定期交给单位统一缴纳，那么双方应按照协议内容执行。这种情况下，单位继续缴纳社保是合法的，也是双方协商一致的结果。

2. 协议未明确约定：

   • 当双方没有就社保缴纳问题进行约定时，情况则相对复杂。从法律角度出发，由于劳动关系依然存在，单位应当继续为职工缴纳社保。然而，由于停薪留职这种用工形式在法律上缺乏明确统一的规范，一些地区可能会基于公平原则或考虑协议的实际情况等因素，对社保缴纳要求作出不同的判定。这导致在实际操作中存在一定的不确定性和地域差异。

三、特殊情况的处理

• 如果员工停薪留职超过了约定的时间或违反了单位规定，单位有权根据协议或相关规定停缴社保。但这种情况下的停缴必须基于合法合理的理由，并且需要符合相关法律法规的规定。

四、建议与应对措施

1. 明确约定：为避免后续产生不必要的纠纷，职工在办理停薪留职时，应与单位签订详细的书面协议，并明确社保缴纳等相关事宜。这是保障双方权益的重要措施。

2. 咨询单位或专业律师：若协议中未明确社保缴纳事项，或直接未签订协议，职工应主动向单位的人事或财务部门咨询，以了解单位的具体规定和实际操作方式。如有必要，也可以咨询专业律师以获取准确信息。

3. 维护权益：如果已经出现社保缴纳方面的争议，职工应先尝试与单位协商解决。协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，停薪留职期间单位是否继续为职工缴纳社保是一个需要综合考虑多种因素的问题。在签订停薪留职协议时，双方应明确约定社保缴纳的相关事宜以避免后续纠纷。同时，职工也应了解自己的权益和义务，确保在停薪留职期间能够依法享受社保待遇。