针对干部因重大事故辞职的处理问题，核心结论需结合事故性质、干部职责及法律规定综合判断，以下是具体分析：

1. 事故责任认定与辞职性质
   若重大事故经调查认定干部存在直接责任（如决策失误、监管失职等），其辞职可能被视为逃避责任，单位有权拒绝接受辞职申请，并依据《公务员法》或《事业单位工作人员处分暂行规定》启动问责程序，包括警告、记过、降级、撤职甚至开除处分。
   若事故与干部职责无直接关联，或其已履行合理注意义务，辞职通常按正常程序办理，但需配合调查以厘清责任边界。

2. 辞职后的法律后果

   • 行政责任：若辞职后发现干部在事故中存在违法违规行为（如滥用职权、玩忽职守），即使已离职，仍可能被追责，包括行政处分或党纪处分。
     
   • 刑事责任：若事故构成犯罪（如重大责任事故罪、渎职罪等），辞职不影响司法机关对其刑事责任的追究，需承担有期徒刑、拘役等刑罚。
     
   • 民事赔偿：若干部因故意或重大过失导致事故，单位在承担赔偿责任后，可依据《民法典》向其追偿。

3. 单位处理流程建议

   • 暂停辞职程序：在事故调查期间，单位应暂缓办理辞职手续，待责任认定清晰后再作决定。
     
   • 配合调查义务：干部需如实提供与事故相关的材料，不得隐瞒或伪造证据，否则可能加重责任。
     
   • 离职交接规范：若最终批准辞职，应要求干部完成工作交接，并签署离职声明，明确其在职期间无未了结的责任事项。

4. 干部权益保护提示

   • 若干部认为事故责任认定有误，可依法申请复核或申诉，避免因错误追责影响职业生涯。
     
   • 辞职后若面临不实指控，可通过法律途径维护名誉权，要求撤销不当处分或赔偿损失。

总结：干部因重大事故辞职的处理需以责任认定为前提，单位应严格依法依规操作，干部亦需理性应对，必要时可向我进一步咨询具体法律程序。