法院对鉴定机构高收费提出异议的处理方式，主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》《诉讼费用交纳办法》及相关司法解释，结合具体程序分情况处理，核心结论如下：

1. 异议提出阶段与审查主体
   若当事人在诉前鉴定阶段对收费提出异议，法院通常会将异议转交鉴定机构，要求其书面说明收费依据（如《司法鉴定收费管理办法》规定的项目、标准、计算方式）。若在诉中鉴定阶段提出异议，法院会直接审查收费合理性，可能要求鉴定机构提交收费明细、行业指导价文件等证据。
   法律依据：《诉讼费用交纳办法》第12条明确，诉讼过程中因鉴定等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或单位，法院有权监督收费合规性。

2. 收费合理性判断标准
   法院会从三方面审查：

   • 法定标准：优先适用省级物价部门、司法行政部门联合制定的《司法鉴定收费项目和收费标准基准价》，若收费超出基准价浮动范围（通常为±20%），可能被认定为不合理；
     
   • 市场行情：参考同地区、同类型鉴定项目的平均收费水平，若显著高于市场价且无合理理由（如鉴定事项复杂程度、技术难度等），可能被否定；
     
   • 程序合规性：检查鉴定机构是否在委托前明确告知收费标准、是否取得当事人书面同意，若未履行告知义务，可能影响收费效力。
     典型案例：在（2021）最高法民申5678号案中，法院因鉴定机构未提前告知高额差旅费，最终未支持该部分费用。

3. 处理结果与救济途径

   • 若收费合理：法院会驳回异议，要求当事人按约定支付费用，否则可能影响鉴定报告的采信（如因未缴费导致鉴定终止，法院可能认定当事人承担举证不能后果）；
     
   • 若收费不合理：法院可采取三种措施：
     
     1. 调整费用：直接裁定按合理标准确定最终收费金额；
        
     2. 更换机构：责令当事人重新委托其他符合资质且收费合理的鉴定机构；
        
     3. 退还费用：若已支付，可裁定鉴定机构退还多收部分。
        救济程序：当事人对法院处理结果不服的，可在收到裁定书之日起10日内向上一级法院申请复议，复议期间不停止执行。

实务建议：当事人提出异议时，需同步提交证据（如同地区其他机构报价单、行业收费标准文件），并明确异议具体内容（如对某项费用计算方式、必要性存疑），以提升法院审查效率。若涉及重大利益，可申请法院组织听证，由鉴定机构当面说明收费依据。