可以申请人民调解委员会调解，但需注意以下要点：

1. 调解的合法性基础
   根据《人民调解法》第17条，人民调解委员会可受理公民、法人及其他组织之间涉及民事权利义务的纠纷，包括宅基地使用权争议。若行政部门以非行政行为（如民事侵权）形式侵占宅基地，属于平等主体间的财产纠纷，符合调解范围。

2. 行政行为争议的例外情形
   若行政部门通过行政许可、行政处罚等具体行政行为侵占宅基地（如强制征收未补偿），则属于行政争议。此类纠纷需通过行政复议或行政诉讼解决，人民调解委员会无权直接撤销或变更行政行为，但可协助双方就补偿方案等民事部分达成和解。

3. 调解程序的关键步骤

   • 申请主体：宅基地使用权人或其合法继承人可作为申请人，需提供宅基地权属证明（如集体土地使用证、建房许可证）。
     
   • 调解组织：可向宅基地所在地的村（居）人民调解委员会或乡镇（街道）调解委员会提出申请。
     
   • 调解效力：达成调解协议后，双方可共同申请司法确认（《人民调解法》第33条），经确认的协议具有强制执行力。

4. 实务建议

   • 证据固定：调解前需收集侵占事实证据（如现场照片、证人证言、行政部门通知文件）。
     
   • 法律衔接：若调解失败，应及时在知道行政行为之日起6个月内提起行政诉讼（《行政诉讼法》第46条），避免超过起诉期限。
     
   • 复合救济：对行政行为合法性存疑的，可同步申请行政复议（通常60日内提出），复议期间原则上不停止执行，但可申请暂停执行特定情形。

提示：宅基地纠纷常涉及土地管理法、物权法及地方性法规交叉适用，建议调解前携带权属文件向我进一步咨询，我可协助分析行政行为性质并制定调解策略。