关于“食用菌菌种管理办法是否为特别法”的问题，我们可以从法律体系的构成和特别法的定义来进行分析。

首先，我们需要明确什么是特别法。在法律体系中，特别法通常指的是针对某一特定领域、特定事项或特定对象而制定的法律，它与一般法（如宪法、民法、刑法等）相对，具有更强的针对性和专业性。特别法往往会对一般法中的某些规定进行细化、补充或修改，以适应特定领域或事项的需要。

接下来，我们来看食用菌菌种管理办法。从您提供的《食用菌菌种生产经营管理的指导意见》以及相关的《湖北省食用菌菌种管理办法》来看，这些规定主要是针对食用菌菌种的生产、经营、管理等方面而制定的，具有明确的针对性和专业性。它们详细规定了食用菌菌种的生产经营资质管理、档案管理、品种管理、包装标签管理、质量管理以及监管单位责任落实等方面的内容，为食用菌菌种的生产经营提供了具体的指导和规范。

将这些规定与特别法的定义相对比，我们可以发现，食用菌菌种管理办法确实具有特别法的特征。它针对的是食用菌菌种这一特定领域，对相关的生产经营活动进行了详细的规定和规范，具有更强的针对性和专业性。同时，这些规定也是对一般法律（如《中华人民共和国种子法》）在食用菌菌种领域的细化和补充，符合特别法与一般法的关系。

因此，我们可以得出结论：食用菌菌种管理办法（如《湖北省食用菌菌种管理办法》）在针对食用菌菌种的生产经营领域内，可以被视为特别法。它针对该领域的特定事项和对象进行了详细的规定和规范，为食用菌菌种的生产经营提供了有力的法律保障。