结论：非法行医的店与其他店合并，并不直接等同于发生了两次非法行医行为。是否构成两次非法行医，需根据具体情况，结合非法行医的构成要件以及合并前后的行为性质来综合判断。
分析：
非法行医的构成要件：
- 非法行医通常指的是未取得医生执业资格的人非法从事医疗活动，或者虽取得医生执业资格但超出注册的执业地点、执业类别、执业范围从事医疗活动的行为。
- 构成非法行医，需要满足主体要件（即行为人未取得医生执业资格或超出执业范围）、行为要件（即从事了医疗活动）以及结果要件（即可能对患者的健康造成损害或存在损害的风险）。
合并前后的行为性质：
- 如果合并前的店铺已经存在非法行医行为，并且该行为在合并时并未停止或得到合法化处理，那么合并后的店铺继续从事该非法行医行为，可以视为对原非法行医行为的延续，而非新的非法行医行为。
- 如果合并后的店铺在合并后开始从事新的非法行医行为，或者合并前的非法行医行为在合并时已经停止，但合并后的店铺又重新开始了非法行医，那么这种情况下可以视为发生了新的非法行医行为。
“跨”行为的性质：
- 您提到的“老店新店都有做跨”，如果这里的“跨”指的是超出执业范围或执业地点从事医疗活动，那么这种行为本身就可能构成非法行医。
- 如果合并前后的店铺都存在这种“跨”行为，并且这些行为在合并时并未得到合法化处理或停止，那么合并后的店铺继续从事这些行为，同样可以视为对原非法行医行为的延续。
法律建议：
- 对于合并前的非法行医行为，如果尚未受到法律制裁，建议立即停止并寻求合法化途径，如取得相应的执业资格或调整执业范围。
- 对于合并后的店铺，应严格遵守相关法律法规，确保所有医疗活动都在合法的执业范围内进行，避免再次发生非法行医行为。
- 如果合并后的店铺确实存在非法行医行为，并且已经对患者造成了损害，那么患者有权依法追究其法律责任，包括要求赔偿损失等。
可能后果：
- 如果合并后的店铺继续从事非法行医行为，一旦被发现，将可能面临行政处罚（如罚款、吊销执业证书等）甚至刑事处罚（如非法行医罪）。
- 如果患者因非法行医行为受到损害，合并后的店铺将需要承担相应的民事赔偿责任。
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