设施农用地协议一般是与当地农村集体经济组织签订。以下是详细分析：

1. 协议签订的主体：

   • 设施农业的经营者，在计划使用农村土地进行设施农业建设时，首先需要与土地的所有者或管理者，即当地农村集体经济组织，就土地使用事宜进行协商。
   • 如果涉及土地承包经营权的流转，那么经营者还需要依法与承包农户签订流转合同，并确保征得承包农户的同意。

2. 协议签订的内容：

   • 双方协商一致后，应签订详细的用地协议。协议中应明确土地的具体位置、面积、用途（如种植、养殖等设施农业用途）、使用期限、土地复垦要求（包括复垦标准、时间节点及费用承担方式）、补偿方式以及违约责任等关键条款。
   • 使用期限的设定应根据项目的实际经营周期来合理确定，既要满足经营者的需求，也要避免土地资源的长期闲置或浪费。

3. 协议签订后的程序：

   • 签订用地协议后，农村集体经济组织应在村集体内部显著位置（如村公告栏）对协议进行公示，公示期限不少于10个工作日，以保障村集体成员的知情权和参与权。
   • 公示无异议后，设施农业经营者需向乡镇政府（街道办事处）提交备案材料，包括用地协议、设施建设方案、土地复垦方案、土地流转证明材料等。乡镇政府对提交的材料进行审核，符合要求的予以备案。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果设施农业用地涉及补划永久基本农田的情况（如养殖设施原则上不得使用永久基本农田，确需占用的需补划），那么补划工作需按规定程序进行，并编制补划方案报自然资源主管部门批准。

法律建议：

• 在签订设施农用地协议前，建议经营者充分了解当地的土地政策和法规，确保用地手续的合法性和合规性。
• 协议签订过程中，应确保所有条款都明确、具体，并尽可能考虑到未来可能出现的各种情况，以避免潜在的纠纷。
• 如果对协议内容或签订程序有任何疑问，建议及时咨询专业律师或相关部门，以确保自身权益得到充分保障。

设施农用地协议的签订是设施农业用地手续中的重要一环，经营者应认真对待并确保所有程序的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。