针对项目因中标公司资质问题导致已完工却无法验收的情况，以下是分情况处理建议：

1. 核查合同条款与资质要求
   首先需审查招标文件、合同中关于中标公司资质的具体约定（如资质等级、有效期、专业范围等）。若中标公司资质在签约时即不符合要求，可能构成根本违约，发包方有权依据《民法典》第563条主张解除合同，并要求赔偿损失（包括二次招标成本、工期延误损失等）。若资质问题出现在履约过程中（如资质过期未续展），则需区分发包方是否尽到审查义务：若发包方未及时核查资质有效性，可能需承担部分过错责任。

2. 行政程序救济路径
   可向当地住建部门或公共资源交易监管机构举报中标公司资质造假或违规投标行为。根据《招标投标法》第54条，若中标公司存在“以他人名义投标或弄虚作假骗取中标”情形，中标无效，行政机关可处以罚款、没收违法所得，甚至吊销营业执照。行政处罚决定可作为后续民事诉讼的关键证据。

3. 民事诉讼策略选择

   • 确认合同无效之诉：若中标公司资质瑕疵属于法律强制性规定（如必须具备特定资质才能承接工程），可依据《民法典》第153条主张合同无效。合同无效后，双方需返还财产（发包方支付工程款，承包方返还工程），但已完工工程若无法返还，可折价补偿。此时需委托鉴定机构评估工程价值，并主张对方赔偿因资质问题导致的质量隐患修复费用。
     
   • 违约损害赔偿之诉：若合同有效但中标公司构成违约，可主张其承担继续履行（如补办资质手续）、采取补救措施（如委托第三方验收）或赔偿损失（包括发包方对第三方承担的违约责任、项目延期产生的运营损失等）。需注意收集证据证明损失与资质问题的因果关系（如监理日志、验收报告、第三方损失证明等）。

4. 工程验收的替代方案
   若中标公司拒绝配合或已丧失资质，可尝试通过以下方式推进验收：

   • 委托第三方检测机构对工程质量进行鉴定，出具符合国家标准的检测报告；
     
   • 与中标公司协商，由其出具书面承诺对工程质量负责，并配合办理验收手续；
     
   • 若涉及公共利益项目（如学校、医院），可向政府主管部门申请特事特办，由行政机关协调验收。

风险提示：若项目已投入使用，发包方可能面临“未经验收擅自使用”的法律风险（《建设工程质量管理条例》第58条），此时质量争议可能被认定为发包方自担风险。建议立即停止使用工程，并固定现状证据（如拍照、录像、委托公证），避免损失扩大。

具体操作需结合项目性质、合同约定及证据情况综合判断，建议携带全套合同文件、资质文件、沟通记录等材料进一步分析。