结论：协议的有效性并不完全取决于对方是否拿走了两份协议以及是否有村里和乡政府的证明，而是需要看协议本身的内容是否合法、双方是否真实意思表示且不违反法律法规的强制性规定。如果协议有效，在对方不履行协议义务的情况下，你是可以起诉的。

详细分析：

1. 协议的有效性：

   • 内容合法性：协议的内容必须合法，不能违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。如果协议内容违法或违背公序良俗，那么该协议是无效的。
   • 真实意思表示：协议必须是双方真实意思的表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能被撤销或认定为无效。
   • 形式要求：虽然很多协议并不要求特定的形式，但某些特定类型的协议（如房地产买卖合同）可能需要满足特定的形式要求（如书面形式、公证等）才能生效。不过，就你描述的情况来看，并未提及协议类型及是否需要特定形式，因此这一点在此不做重点讨论。
   • 村里和乡政府的证明：村里和乡政府的证明并不能直接决定协议的有效性。它们可能作为辅助证据，证明协议签订时的某些情况（如双方身份、签订地点等），但并不能替代协议本身的法律效力。

2. 起诉的可能性：

   • 协议有效且对方不履行：如果协议是有效的，并且对方不履行协议约定的义务，那么你是有权向法院提起诉讼的。在诉讼过程中，你需要提供协议原件（如果可能的话）以及其他相关证据来证明你的主张。
   • 证据收集：虽然对方拿走了两份协议，但这并不意味着你无法收集到其他证据。你可以尝试收集与协议签订相关的其他证据，如聊天记录、转账记录、证人证言等，以证明协议的存在以及对方的不履行行为。
   • 诉讼程序：在提起诉讼前，你需要准备好起诉状和相关证据材料，并按照法院的要求进行提交。法院在受理案件后，会依法进行审理，并作出判决。

建议：

• 尝试与对方协商：在提起诉讼前，你可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成和解或补充协议，以避免不必要的法律纠纷。
• 咨询专业律师：如果你对协议的有效性或起诉的可能性存在疑问，建议咨询专业律师（比如我，邹开封律师，专注于刑事辩护、合同纠纷等领域）。我可以根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议和帮助。
• 收集证据：无论你是否决定提起诉讼，都应该尽快收集与协议签订和履行相关的证据材料，以备不时之需。

希望以上分析能够对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。