档案不清楚、笔记不同以及有涂改的情况，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 档案不清楚

   • 合法性判断：档案不清楚可能涉及档案记录的准确性问题。如果档案记录的内容模糊、不完整或存在歧义，这本身并不直接构成违法，但可能影响档案的法律效力和证明力。
   • 法律建议：对于档案不清楚的情况，建议及时对档案进行整理、补充或修正，以确保其内容的准确性和完整性。如果档案是合同的一部分，且不清楚的内容对合同的理解或执行有重要影响，那么应及时与对方协商，明确相关条款，避免后续纠纷。

2. 笔记不同

   • 合法性判断：笔记不同可能指的是在合同签订或履行过程中，双方或一方对某些事项的记录存在差异。这种差异本身并不直接违法，但可能引发关于合同内容或履行情况的争议。
   • 法律建议：当发现笔记不同时，应首先尝试通过协商解决争议。如果协商无果，可以寻求第三方调解或仲裁。在诉讼过程中，笔记的不同可能成为证据的一部分，法院将根据其他证据和法律规定来综合判断。

3. 有涂改

   • 合法性判断：涂改档案或合同的行为是否合法，取决于涂改的性质、目的以及是否得到了相关方的同意。如果涂改是出于恶意、欺诈或隐瞒真实情况的目的，且未经对方同意，那么这种涂改行为是违法的，可能导致合同无效或引发其他法律责任。
   • 具体分析：
     • 恶意涂改：如果涂改是为了改变合同内容以谋取不正当利益，或者为了掩盖真实情况以逃避法律责任，那么这种涂改行为是违法的。
     • 非恶意涂改：如果涂改是由于笔误、记录错误等原因造成的，且及时得到了相关方的同意和确认，那么这种涂改行为可能是合法的。但为了确保合法性，最好在涂改处加盖公章或双方签字确认。
   • 法律建议：对于有涂改的情况，应首先判断涂改的性质和目的。如果是恶意涂改，应立即停止并采取措施纠正；如果是非恶意涂改，应及时与对方沟通并取得同意，必要时在涂改处加盖公章或双方签字确认。在诉讼过程中，涂改部分可能被视为无效或需要其他证据来佐证其真实性。

总结与进一步建议：

• 档案不清楚、笔记不同以及有涂改的情况，其合法性需根据具体情况来判断。在处理这些问题时，应首先尝试通过协商解决争议。
• 如果协商无果或涉及法律责任问题，建议及时咨询专业律师（即我，刁成路律师，专注于合同纠纷领域），以便根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
• 在日常合同签订和履行过程中，应注重档案的准确性和完整性，避免涂改和笔记不同等问题的发生，以减少潜在的法律风险。