结论：在劳动合同期内让员工签订科室承包协议并要求自负盈亏，这一做法是否合规，需根据具体情况分析，一般而言，若该协议改变了原劳动合同的核心条款且未与员工协商一致，则可能不合规。以下从不同角度进行详细分析：
一、劳动合同与承包协议的法律性质
劳动合同：是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。它受到《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规的严格保护，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则订立和履行劳动合同。
承包协议：通常是企业内部或企业之间为了完成特定任务或项目而签订的协议。它可能涉及经营权的转让、收益的分配等，但并不改变劳动者与用人单位之间的劳动关系。
二、科室承包协议自负盈亏的合规性分析
改变劳动合同核心条款：
- 如果科室承包协议要求员工自负盈亏，这实际上可能改变了原劳动合同中关于工资支付、工作条件、劳动保护等核心条款。根据《劳动合同法》的规定，变更劳动合同应当与劳动者协商一致，并采用书面形式。
- 若未经员工同意，用人单位单方面要求员工签订科室承包协议并自负盈亏，可能构成对原劳动合同的违法变更，员工有权拒绝并要求用人单位继续履行原劳动合同。
劳动关系与承包关系的混淆：
- 科室承包协议若被认定为改变了劳动关系为承包关系，则可能涉及劳动关系的终止和新承包关系的建立。这同样需要与员工协商一致，并办理相应的法律手续。
- 若用人单位未依法办理劳动关系终止手续，而直接要求员工签订承包协议，可能面临劳动争议和法律责任。
合法合规的承包情形：
- 如果科室承包协议是在不改变劳动关系的前提下，仅就特定任务或项目的完成方式、收益分配等达成一致，且符合相关法律法规的规定，那么这种承包可能是合法合规的。
- 但即便如此，用人单位也应确保承包协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不损害员工的合法权益。
三、法律建议
对于用人单位：
- 在考虑让员工签订科室承包协议前，应充分评估协议的法律风险和合规性。
- 确保与员工进行充分协商，并达成一致意见。
- 依法办理相关手续，确保承包协议的合法性和有效性。
对于员工：
- 在签订科室承包协议前，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。
- 如对协议内容有疑问或异议，应及时与用人单位沟通并寻求法律意见。
- 如认为用人单位的行为违法或损害了自己的合法权益，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
总结来说，在劳动合同期内让员工签订科室承包协议并要求自负盈亏，这一做法的合规性取决于多种因素，包括协议内容、双方协商情况、是否改变原劳动合同核心条款等。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。