工厂查案底是否违法，需分情况讨论：

1. 工厂在招聘过程中查询应聘者案底

   • 一般原则：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，犯罪记录信息的管理机关为公安机关，未经法定程序，任何单位和个人不得查询犯罪记录。工厂在招聘过程中，若未经应聘者同意，擅自查询其案底，可能涉嫌侵犯公民个人信息权，是违法的。
   • 例外情况：如果工厂招聘的是特定岗位，如涉及国家秘密、公共安全、人身安全等特殊岗位，且根据法律法规或行业规定，需要对应聘者进行犯罪记录查询的，工厂可以在应聘者同意并配合下，通过合法途径（如向公安机关申请）进行查询。

2. 工厂在员工在职期间查询其案底

   • 一般原则：员工在职期间，工厂同样不得未经员工同意，擅自查询其案底。员工的犯罪记录属于其个人隐私，受法律保护。
   • 特殊情况：如果员工因涉嫌违法犯罪行为被公安机关立案侦查，或工厂基于维护自身合法权益、保障生产经营安全等合理需要，且经过合法程序（如向公安机关申请、获得员工书面同意等），可以查询员工的案底。但这种情况下，工厂也需谨慎行事，确保查询行为的合法性和必要性。

3. 工厂通过非法途径查询案底

   • 无论何时：如果工厂通过非法途径（如购买、窃取、利用黑客技术等）查询员工的案底，不仅侵犯了员工的隐私权，还可能构成犯罪（如侵犯公民个人信息罪），将受到法律的严惩。

法律建议：

• 对于工厂：在招聘和用工过程中，应严格遵守法律法规，尊重和保护员工的隐私权。如需查询员工的犯罪记录，应通过合法途径进行，并确保查询行为的合法性和必要性。
• 对于员工：如果发现工厂未经同意擅自查询其案底，或通过非法途径获取其犯罪记录，可以向公安机关报案，或寻求法律援助，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果工厂违法查询员工案底，可能面临行政处罚（如罚款、责令改正等），甚至刑事处罚（如构成侵犯公民个人信息罪时）。
• 员工因工厂违法查询案底而遭受损失的，可以要求工厂承担赔偿责任。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。