结论前置：违章建筑签的合同在法律上通常不受全面保护，但具体效力需根据合同内容、目的及实际情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、违章建筑的法律地位
违章建筑，指的是未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物和构筑物。这类建筑因违反了《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，不具备合法的建设手续和规划要求，因此不能获得合法的产权证书，在法律上被视为违法建筑。由于违章建筑本身不合法，其上设立的产权相关合同自然难以获得法律的全面承认和保护。
二、合同效力的判断
合同内容合法性：
- 如果合同内容直接涉及违章建筑的买卖、转让或设定抵押等产权相关事项，由于违章建筑本身不合法，这类合同很可能被认定为无效。因为合同的基础——标的物（违章建筑）不合法，导致合同目的无法实现，且违反了法律强制性规定。
合同目的与实际履行：
- 如果合同目的并非直接涉及违章建筑的产权交易，而是基于其他合法目的（如租赁、使用等），且合同双方在签订时均明知建筑为违章建筑，但仍愿意承担相应风险并履行合同，这种情况下合同的效力可能更为复杂。法院在判断时，会综合考虑合同目的、实际履行情况、双方过错程度等因素。然而，即便合同在某些方面有效，其履行仍可能受到违章建筑法律地位的限制，如面临被拆除的风险。
特殊情形下的合同效力：
- 在某些特殊情况下，如违章建筑已经存在多年且未被相关部门查处，或者建筑人已经投入了大量资金进行建设和装修，相关部门可能会采取更为灵活的处理方式。但这并不意味着违章建筑上的合同因此获得合法效力，而是相关部门在综合考虑各种因素后，对建筑人的一种临时性保护措施。这种保护并不等同于对合同效力的认可。
三、法律后果与风险提示
合同无效的法律后果：
- 如果合同被认定为无效，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
违章建筑的风险：
- 违章建筑面临着被拆除、罚款等法律风险。如果建筑人拒不执行相关部门的处罚决定，相关部门可以采取强制措施进行拆除。此外，违章建筑还可能因影响城市规划、消防安全等原因被要求限期整改或拆除。这些风险都会直接影响到基于违章建筑签订的合同的履行和效力。
四、建议与应对措施
避免签订涉及违章建筑的合同：
- 为了避免可能的法律纠纷和经济损失，建议相关当事人在签订合同时务必确认建筑物的合法性。如果涉及违章建筑，应谨慎考虑并避免签订相关合同。
咨询专业律师：
- 如果已经签订了涉及违章建筑的合同，或者面临与违章建筑相关的法律纠纷，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助当事人维护自身合法权益。
积极采取合法措施解决违章建筑问题：
- 对于已经存在的违章建筑，建议相关当事人尽快采取合法措施解决。这可能包括补办相关手续、拆除违章建筑或与相关部门协商寻求妥善解决方案。通过合法途径解决违章建筑问题，可以降低法律风险和经济损失。
最后，违章建筑签的合同在法律上通常不受全面保护。为了避免可能的法律纠纷和经济损失，建议相关当事人在签订合同时务必谨慎考虑并确认建筑物的合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。