小区种菜物业是否有权清理，需根据具体情况判断，但总体上，若该行为违反了相关法律法规或物业服务合同的约定，且损害了全体业主的共同利益，物业公司有权进行管理和清理。以下从不同角度进行详细分析：
一、小区公共区域使用权归属的法律依据与分析
共有部分情况：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十一条，小区内的公共区域，如绿地、楼顶等，属于全体业主的共有部分，业主对共有部分享有共有和共同管理的权利。
- 若业主未经全体业主同意，擅自在公共区域种菜，属于改变公共区域用途的行为，违反了《物业管理条例》中关于不得改变公共建筑和共用设施用途的规定。
专有使用权情况（虽不常见于公共区域，但为全面分析需提及）：
- 理论上，若业主通过合法方式取得了某块公共区域的专有使用权（如特定绿地作为私人花园，但这种情况极为罕见且需严格法律程序），则业主对该区域享有一定的自主使用和处分权。
- 然而，在小区公共区域种菜的情况下，这种专有使用权几乎不存在，因此业主通常无权擅自种菜。
二、物业公司权利与义务的法律依据
权利：
- 物业公司对于违反规定在公共区域种菜的行为有权制止，并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。
- 如违规业主拒不改正，物业公司可向相关部门投诉或提起诉讼，维护全体业主的合法权益。
义务：
- 物业公司需对物业管理区域内违反治安、环保、装饰装修和使用等方面法律、法规规定的行为进行制止，并及时向有关行政管理部门报告。
三、实际操作建议与流程
调查取证：
- 物业公司应首先对小区内种菜情况进行详细调查，包括拍摄照片、记录视频等，以收集充分证据。
- 同时，走访相关业主，了解他们的意见和建议，确保处理过程的公正性和透明度。
法律咨询与明确规定：
- 物业公司应聘请法律顾问，咨询相关法律问题，明确公共区域的产权归属和使用规定。
- 向全体业主发出通知，明确告知公共区域的产权归属、使用规定以及违规种菜的后果。
制止与清理：
- 对于违规种菜行为，物业公司应先尝试通过沟通、协商等方式要求业主自行清理。
- 如业主拒不清理，物业公司可依据相关法律法规和物业服务合同的约定进行强制清理，并确保过程合法合规，避免对业主财产造成不必要的损害。
四、可能的法律后果
- 若业主擅自种菜且拒不清理，物业公司有权采取法律手段维护全体业主的合法权益，包括但不限于向相关部门投诉、提起诉讼等。
- 业主可能因违反法律法规或物业服务合同的约定而承担相应的法律责任，如恢复原状、赔偿损失等。
总结与建议：小区种菜行为需根据具体情况判断物业是否有权清理。但总体上，若该行为违反了相关法律法规或物业服务合同的约定，且损害了全体业主的共同利益，物业公司有权进行管理和清理。建议业主在种菜前咨询物业公司或相关法律人士，确保自己的行为合法合规。如有任何法律问题，可直接向我咨询。