员工停工留薪期的计算是一个涉及多个方面的综合考量过程，以下我将为您详细阐述：

一、停工留薪期的定义与基本原则

停工留薪期是指员工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。在此期间，员工的原工资、薪水、福利、保险等待遇应保持不变，由所在单位按月支付。这是保障工伤员工基本生活和治疗需求的重要原则。

二、停工留薪期的时长确定

1. 一般情况：停工留薪期一般不超过12个月。这是基于大多数工伤员工的恢复周期和医疗需求而设定的一个基本时限。

2. 特殊情况：

   • 如果员工伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长停工留薪期。但延长时间也不得超过12个月，即总停工留薪期最长不超过24个月。
   • 工伤员工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而享受伤残待遇。这意味着停工留薪期的结束通常与伤残等级的评定相关联。

3. 具体确定方法：

   • 停工留薪期的具体时长通常依据定点医疗机构出具的伤病诊断证明，并参照当地《工伤职工停工留薪期分类目录》来确定。这个分类目录会根据不同伤情和恢复周期给出相应的停工留薪期建议。

三、停工留薪期工资的计算方法

1. 计算原则：员工在停工留薪期内，原工资福利待遇（包括基本工资、奖金、津贴等）应保持不变。这是计算停工留薪期工资的基本原则。

2. 具体计算方法：

   • 工作满12个月的情况：以工伤前12个月的月平均工资为基数进行计算。将12个月的工资总额（包含各种工资形式）除以12得出平均数，即为停工留薪期每月应支付的工资。
   • 工作不满12个月的情况：按照实际工作月数的月平均工资进行计算。同样是将实际工作月数的工资总额除以月数得出平均数。
   • 新入职尚未领取工资或工作不满1个月的情况：实践中可能会参照本单位同岗位的平均工资、劳动合同中约定的月工资或统筹地区职工平均工资来确定停工留薪期的工资标准。

四、特殊情况处理与注意事项

1. 评定伤残等级后：工伤员工评定伤残等级后，将停发原待遇，开始享受伤残待遇。此时，停工留薪期也相应结束。

2. 停工留薪期满仍需治疗：如果工伤员工在停工留薪期满后仍需治疗，他们将继续享受工伤医疗待遇。但此时可能不再享受原工资福利待遇，具体根据各地规定和实际情况处理。有的地方规定可以由用人单位酌情给予一定的生活补贴。

3. 地方政策差异：各地可能会根据当地实际情况出台具体的规定和计算标准。因此，在实际计算停工留薪期工资时，还需结合当地的相关政策进行。

4. 争议解决：如果对停工留薪期的期限或工资计算有争议，可以由劳动能力鉴定委员会进行鉴定或咨询专业法律人士以寻求解决方案。

综上所述，员工停工留薪期的计算是一个综合考量医疗机构证明、当地停工留薪期分类目录、员工工伤前工作时间和工资情况以及地方政策和约定的过程。用人单位应严格按照相关规定执行，确保工伤员工的合法权益得到保障。