结论：在公司机构类型选择上，若公司为自然人独资，在只有法人组织、非法人组织和自然人这三个选项的情况下，应选择“自然人”。

详细解释与分析：

1. 自然人独资公司的定义：

   • 自然人独资公司，指的是由一个自然人投资设立，并独自承担公司经营风险和享有全部经营收益的公司形式。这种公司形式下，投资者（即自然人）与公司之间在法律上是两个独立的主体，但公司的财产和责任与投资者的个人财产和责任在一定程度上是分离的（尽管在独资公司中，这种分离可能不如有限责任公司或股份有限公司那样严格）。

2. 选项分析：

   • 法人组织：法人组织是指具有法人资格的组织，如有限责任公司、股份有限公司等。这些组织具有独立的法律地位，能够独立承担民事责任。然而，自然人独资公司本身并不是由多个法人或非法人组织共同投资设立的，而是由一个自然人投资设立，因此不应选择“法人组织”。
   • 非法人组织：非法人组织是指不具有法人资格的组织，如个人独资企业（但需注意，个人独资企业与自然人独资公司在某些方面可能存在相似之处，但法律上它们是不同的概念）、合伙企业等。这些组织虽然能够以自己的名义进行民事活动，但不能独立承担民事责任，其责任通常由投资者或合伙人承担。自然人独资公司并不属于非法人组织的范畴，因为它在法律上是一个独立的主体（尽管其责任承担方式可能与某些非法人组织相似）。
   • 自然人：自然人是指具有自然生命的人，是法律上的基本主体。在自然人独资公司的情况下，投资者是一个自然人，他/她独自投资设立公司并承担公司的经营风险和收益。因此，在公司机构类型选择上，应选择“自然人”。

3. 法律后果与建议：

   • 选择正确的公司机构类型对于公司的设立、运营和法律责任承担具有重要意义。如果错误地选择了公司机构类型，可能会导致公司在法律上无法成立或无法正常运营，甚至可能引发法律纠纷和责任承担问题。
   • 因此，在设立自然人独资公司时，应明确公司的性质和投资者的身份，并正确选择公司机构类型。如果对公司机构类型的选择存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或相关机构以获取准确和专业的指导。

总结：对于自然人独资公司而言，在公司机构类型选择上应选择“自然人”。这是由自然人独资公司的定义和性质所决定的，也是确保公司合法设立和正常运营的重要前提。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。