结论：信用卡逾期3年后还进去的钱是否算本金，需根据具体情况判断，主要取决于还款时银行如何认定以及双方是否有特别约定。以下从不同角度详细分析：

1. 一般情况下的还款顺序

   • 在信用卡逾期且未与银行达成特别还款协议的情况下，还款通常按照“先息后本”的顺序进行。也就是说，还款会先用于抵扣逾期产生的利息、违约金等费用，剩余部分才会用于抵扣本金。
   • 因此，如果逾期3年后还款，且未与银行明确约定还款用途，那么还进去的钱很可能先被用于抵扣利息和违约金，剩余部分才可能算作本金。

2. 与银行达成特别还款协议的情况

   • 如果持卡人与银行就逾期还款达成了特别协议，比如约定了还款计划、还款金额的具体用途等，那么还款的顺序和性质就会按照协议来执行。
   • 在这种情况下，如果协议中明确约定了还款先用于抵扣本金，或者还款金额直接算作本金，那么还进去的钱就会按照协议约定来算作本金。

3. 法律背景与建议

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关金融法规，信用卡逾期还款涉及利息、违约金等费用的计算，以及还款顺序的确定，通常遵循银行与持卡人之间的合同约定。
   • 如果持卡人对银行的还款顺序或费用计算有异议，可以与银行协商解决，或者通过法律途径维护自己的权益。
   • 建议：在信用卡逾期后，持卡人应尽快与银行沟通，了解逾期产生的费用情况，并尝试达成还款协议。如果无法一次性还清欠款，可以协商分期还款或延期还款等方案，以减少利息和违约金的产生。

4. 可能的法律后果

   • 如果持卡人长期逾期不还款，银行可能会采取法律手段追讨欠款，包括起诉持卡人、申请强制执行等。
   • 在法律程序中，法院会根据双方提供的证据和合同约定，判决还款的顺序和金额。如果持卡人未能按照判决履行还款义务，还可能面临信用记录受损、被限制高消费等法律后果。

举例说明：假设持卡人信用卡逾期3年，欠款总额为10万元，其中本金为8万元，利息和违约金为2万元。如果持卡人此时还款5万元，且未与银行达成特别还款协议，那么这5万元会先被用于抵扣利息和违约金（假设全部抵扣），剩余部分（如果有的话）才会用于抵扣本金。因此，在这种情况下，还进去的5万元并不直接算作本金。

总结：信用卡逾期3年后还进去的钱是否算本金，需根据具体情况和银行与持卡人之间的合同约定来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。