员工自动离职后，公司不发工资是违法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与解析
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了用人单位支付工资的义务，无论劳动者是否按照公司规定的流程离职，只要其提供了正常劳动，用人单位就有义务支付相应工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：
- 用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。这一条款进一步强调了用人单位支付工资的义务，并规定了相应的法律责任。
《工资支付暂行规定》第九条：
- 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一条款明确了在劳动合同解除或终止时，用人单位的支付义务，包括自动离职的情况。
二、特殊情况及处理方式
尽管公司有义务支付员工工资，但在某些特殊情况下，如员工自动离职给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿。但需注意：
- 赔偿应有明确的事实依据和合理的计算方法：公司不能随意主张赔偿，必须提供充分的证据证明员工自动离职给公司造成了经济损失，并且赔偿金额应合理计算。
- 扣除赔偿费用时的限制：在扣除赔偿费用时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定旨在保护劳动者的基本生活需求。
三、员工自动离职的常见情形及工资支付方式
未提前通知擅自离职：
- 员工未按规定提前通知用人单位即自行离职。在这种情况下，用人单位应结算员工应得的工资，包括基本工资、加班工资等，并按时支付。若因员工自离造成损失，公司可依法另行索赔，但不能以此为由拒付工资。
离职时未办理工作交接：
- 员工离开时未完成工作交接手续。用人单位仍需支付员工工资，并有权要求员工尽快回来办理交接。若员工拒绝办理，用人单位可通过法律途径解决，但不得以此为由拒绝支付工资。
四、员工的维权途径
若公司因员工自动离职而不发工资，员工可采取以下合法途径维权：
与公司协商：
- 首先尝试与公司进行协商解决，要求公司发放应得工资。这是最直接、最快捷的解决方式。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司限期支付工资。劳动监察部门具有行政执法权，能够对公司进行监督和处罚。
申请劳动仲裁：
- 若问题仍未解决，员工可申请劳动仲裁，通过仲裁程序来维护自己的合法权益。劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径之一，其裁决具有法律效力。
提起诉讼：
- 若对仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。诉讼是解决劳动争议的最终途径，能够确保员工的权益得到充分保障。
总结与建议：员工自动离职后，公司应当依法支付其应得的工资。如果公司违反这一规定，员工有权通过法律途径来维护自己的合法权益。同时，公司在处理员工自动离职问题时，也应遵循相关法律法规，确保处理方式的合法性和合理性。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。