结论：若公司作为另一家公司的股东想要注销，首先需明确的是，注销的是股东公司本身还是其持有的被投资公司的股权。这两种情况涉及不同的法律程序和后果，下面我将分别进行说明。
一、若注销的是股东公司本身
法律程序：
- 清算程序：股东公司需按照《公司法》的规定进行清算，包括成立清算组、通知债权人、清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、处理与清算有关的公司未了结的业务、清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款、清理债权债务、处理公司清偿债务后的剩余财产等。
- 注销登记：在清算结束后，股东公司需向公司登记机关申请注销登记，提交清算报告等文件，经登记机关核准后，公司终止。
对被投资公司股权的影响：
- 股东公司注销后，其持有的被投资公司的股权将作为其遗产或清算财产进行处理。若股东公司有继承人或清算受益人，则股权可能转移至他们名下；若无人继承或清算后无剩余财产，则股权可能被视为无主财产或根据相关法律规定进行处理。
法律建议：
- 在注销前，股东公司应妥善处理其持有的被投资公司股权，包括与被投资公司协商股权转让、回购等事宜，以避免注销后股权处理不当引发的法律纠纷。
- 若股东公司无法自行处理股权，可考虑在清算过程中通过拍卖、变卖等方式变现股权，以清偿公司债务或分配给清算受益人。
二、若注销的是股东公司持有的被投资公司股权
法律程序：
- 股权转让：股东公司可通过与其他股东或第三方签订股权转让协议的方式，将其持有的被投资公司股权转让出去。股权转让需遵循《公司法》及被投资公司章程的规定，包括但不限于通知其他股东、行使优先购买权等。
- 减资或回购：若被投资公司同意，股东公司还可通过被投资公司减资或回购其股权的方式实现退出。减资需修改公司章程并办理变更登记手续；回购则需被投资公司有足够的资金且符合相关法律法规的规定。
对股东公司的影响：
- 股权注销后，股东公司将不再持有被投资公司的股权，从而失去作为股东的权利和义务。
- 若股权转让或回购获得对价，则股东公司将获得相应的资金回报；若无法获得对价或对价低于投资成本，则股东公司可能面临投资损失。
法律建议：
- 在进行股权转让或回购前，股东公司应充分评估被投资公司的财务状况、市场前景等因素，以确定合理的转让价格或回购条件。
- 股东公司应确保股权转让或回购协议的内容合法、有效，并明确双方的权利和义务，以避免后续纠纷。
- 若涉及复杂或大额的股权转让或回购，建议股东公司咨询专业律师或会计师的意见，以确保交易的合法性和合规性。
总结与进一步思考：无论是注销股东公司本身还是其持有的被投资公司股权，都需要遵循相关法律法规的规定，并充分考虑各种法律后果和风险。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律服务。