结论：两家商业合同模板不同，能否各签一种合同，这主要取决于合同的具体内容、双方当事人的真实意思表示以及是否违反法律法规的强制性规定。以下从几个角度进行详细分析：

1. 合同内容不冲突且双方同意：

   • 如果两家公司所签订的两种合同模板中的内容并不相互冲突，且双方当事人都明确同意按照各自模板签订合同，那么从法律上讲，这是可行的。
   • 例如，一家公司可能提供了一份销售合同模板，另一家公司则提供了一份服务合同模板，如果这两份合同的内容分别针对不同的交易事项，且双方都同意按照这些条款进行交易，那么就可以分别签订。

2. 合同内容存在关联或相互依赖：

   • 如果两家公司所签订的合同模板之间存在关联或相互依赖的关系，那么就需要谨慎处理。在这种情况下，仅仅因为模板不同就分别签订可能会导致合同条款之间的不协调或矛盾。
   • 例如，如果一份合同是关于产品供应的，而另一份合同是关于产品售后服务的，且售后服务合同依赖于供应合同中的某些条款，那么在这种情况下，仅仅因为模板不同就分别签订可能会引发后续的执行问题。

3. 法律法规的强制性规定：

   • 无论合同模板如何，都必须遵守相关法律法规的强制性规定。如果两种合同模板中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款将是无效的，且可能对整个合同的效力产生影响。
   • 例如，如果合同中包含了违反反垄断法、消费者权益保护法等法律法规的条款，那么这些条款将被视为无效，且可能引发法律责任。

4. 实际操作中的建议：

   • 在实际操作中，建议两家公司在签订合同前进行充分的沟通和协商，确保双方对合同的内容、条款和目的都有清晰的理解。
   • 如果可能的话，可以寻求专业律师的协助，对合同模板进行审查和修改，以确保合同的合法性和有效性。
   • 另外，也可以考虑将两种合同模板中的有益条款进行整合，形成一份更加全面、合理的合同文本。

法律背景与建议：

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方当事人意思表示一致的协议，只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，且双方当事人都具有相应的民事行为能力，那么合同就是有效的。
• 因此，在签订合同时，双方应当充分了解合同的内容、条款和目的，确保自己的权益得到充分保障。如果遇到复杂的合同问题或不确定的条款，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

可能法律后果：

• 如果因为合同模板不同而分别签订导致合同条款之间存在矛盾或冲突，可能会引发后续的执行问题或法律纠纷。
• 如果合同中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款将被视为无效，且可能对整个合同的效力产生影响，甚至可能引发法律责任。

综上所述，两家商业合同模板不同能否各签一种合同，需要根据具体情况进行判断。在签订合同时，建议双方进行充分的沟通和协商，并寻求专业律师的协助以确保合同的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。