在软件著作权侵权纠纷中，源码比对通常是在以下情况下进行的关键步骤：
侵权行为难以直接认定时：
- 当被控侵权的软件与权利人的软件在外观、功能或用户界面上存在相似之处，但难以直接判断是否构成抄袭或复制时，源码比对成为确认侵权行为的重要手段。源码是软件的核心，通过比对源码的相似性，可以更准确地判断是否存在抄袭或未经授权的复制行为。
被告提出抗辩理由时：
- 在软件著作权侵权诉讼中，被告可能会提出各种抗辩理由，如独立开发、合法授权使用等。为了反驳这些抗辩，权利人可能需要提供源码比对证据，以证明被告的软件确实抄袭了其源码。源码比对可以揭示出被告软件中是否存在与权利人软件相同或相似的代码段，从而支持权利人的侵权主张。
涉及复杂技术或算法时：
- 当软件涉及复杂的技术或算法时，仅凭外观或功能上的相似性可能难以判断侵权。此时，源码比对成为揭示技术或算法相似性的关键。通过比对源码，可以分析出被告软件是否采用了与权利人软件相同或相似的技术或算法，从而判断是否存在侵权行为。
法院或仲裁机构要求时：
- 在软件著作权侵权纠纷中，法院或仲裁机构可能会根据案件的具体情况，要求双方提供源码进行比对。这是为了更准确地查明事实，确保判决的公正性和准确性。在这种情况下，源码比对成为诉讼或仲裁程序中的必要环节。
在进行源码比对时，需要注意以下几点：
- 确保源码的完整性和真实性：源码比对需要确保所比对的源码是完整的、未经修改的，并且能够真实反映软件的实际运行情况。否则，比对结果可能不准确，导致误判。
- 选择专业的比对工具和方法：源码比对需要使用专业的比对工具和方法，以确保比对的准确性和可靠性。同时，比对过程需要遵循一定的程序和规范，以确保比对的公正性和客观性。
- 保护商业秘密和隐私：在进行源码比对时，需要注意保护双方的商业秘密和隐私。比对过程应在保密的环境下进行，比对结果也应仅限于诉讼或仲裁程序中使用，避免泄露给第三方。
若您遇到软件著作权侵权纠纷，并需要进行源码比对，建议您：
- 及时收集并保存相关证据，包括源码、开发文档、测试报告等；
- 咨询专业律师，了解源码比对的法律程序和注意事项；
- 在律师的指导下，选择合适的比对工具和方法进行比对；
- 根据比对结果，制定相应的诉讼或仲裁策略。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。