合同主体不对时，合同可以通过协商解除、法定解除或诉讼/仲裁解除等方式来处理，具体取决于合同主体不合格的情形及合同的实际履行情况。以下是对此问题的详细分析：
一、明确合同主体不合格的情形
无民事行为能力人或限制民事行为能力人签订的合同：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无民事行为能力人（如未成年人、精神病人等）实施的民事法律行为无效，他们签订的合同自始不具有法律效力。
- 限制民事行为能力人（如八周岁以上的未成年人、不能完全辨认自己行为的成年人等）签订的合同，除非是纯获利益的合同或者与其年龄、智力、精神健康状况相适应的合同，否则需要法定代理人的追认才有效。如果法定代理人未予追认，则合同无效。
无权处分或越权代理签订的合同：
- 行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立的合同，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。
- 无处分权的人处分他人财产签订的合同，也需权利人追认后才有效。
法人或其他组织超出经营范围签订的合同：
- 虽然企业法人在其经营范围内签订合同通常有效，但超出经营范围且违反国家限制经营、特许经营以及法律、行政法规禁止经营的规定的合同无效。不过，对于一般性的超范围经营，若不违反上述强制性规定，合同仍可能有效。
以欺诈、胁迫手段签订的合同：
- 一方以欺诈、胁迫的手段使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。
恶意串通损害他人权益的合同：
- 恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的合同无效。
违反法律法规强制性规定的合同：
二、针对不同情形的处理方法
协商解除：
- 在确认合同主体不合格后，双方可以尝试通过协商解决争议。例如，可以就合同的履行、解除、赔偿等问题进行协商，达成新的协议以解除原合同。
法定解除：
- 如果合同因主体不合格而无效或被撤销，根据法律规定，合同自始没有法律约束力，双方应依法解除合同。这种情况下，解除合同的方式可以是基于法律规定的无效或可撤销情形而自动解除，无需双方另行协商。
诉讼/仲裁解除：
- 如果双方无法协商解决争议，且合同主体不合格的情形存在争议或需要法律确认，可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据证明合同主体不合格的事实以及由此造成的损失，请求法院或仲裁机构确认合同无效或撤销合同，并判决或裁决解除合同。
三、法律后果与责任追究
合同无效或被撤销的法律后果：
- 合同无效或被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
- 有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
责任追究：
- 对于因合同主体不合格给对方造成损失的，应承担赔偿责任。赔偿的范围包括直接损失和间接损失，具体数额应根据实际情况确定。
- 如果涉及欺诈、胁迫等违法行为，还可能承担刑事责任。
四、预防措施与建议
加强合同审查：
- 在签订合同前，应对合同主体的资格进行认真审查，确保其具备相应的民事行为能力和权利能力。
完善合同条款：
- 在合同中明确约定双方的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式等条款，以减少因合同主体不合格而引发的纠纷。
增强法律意识：
- 提高合同当事人的法律意识，使其了解合同法的相关规定和合同签订的风险，从而更加谨慎地签订合同。
举例说明：假设A公司与B公司签订了一份采购合同，但后来发现B公司并未注册成立，即B公司作为合同主体不合格。此时，A公司可以与B公司的实际控制人或负责人进行协商，要求解除合同并返还已支付的款项。如果协商不成，A公司可以向法院提起诉讼，请求确认合同无效并判决B公司的实际控制人或负责人返还款项并赔偿损失。
综上所述，合同主体不对时，合同可以通过多种方式来处理。在处理过程中，双方应依法行事，确保自身权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。