针对招标代理公司违规收取招标文件费且不愿意退还的情况，您可以按照以下步骤来处理：

1. 核查收费依据与合同条款：

   • 首先，您需要仔细核查招标代理公司的收费依据，包括其发布的招标公告、招标文件以及您与招标代理公司签订的相关合同或协议。
   • 确认招标文件费是否在合同或公告中有明确约定，以及该费用是否合理、合法。如果合同或公告中并未明确提及招标文件费，或者该费用明显超出合理范围，那么招标代理公司的收费行为可能构成违规。

2. 与招标代理公司协商：

   • 在确认招标代理公司存在违规收费行为后，您可以尝试与招标代理公司进行协商，要求其退还违规收取的招标文件费。
   • 在协商过程中，您可以提供相关证据，如合同、公告、付款凭证等，以支持您的主张。

3. 向相关部门投诉：

   • 如果协商无果，您可以向招标代理公司的上级主管部门或者相关监管机构进行投诉。
   • 投诉时，您需要提供详细的证据材料，包括招标公告、招标文件、合同、付款凭证以及与招标代理公司的沟通记录等。
   • 相关部门在收到投诉后，会进行调查核实，并根据调查结果作出相应处理。

4. 考虑法律途径：

   • 如果投诉仍未解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 您可以向法院提起诉讼，要求招标代理公司退还违规收取的招标文件费，并可能要求其承担因此产生的其他损失（如诉讼费、律师费等）。
   • 在提起诉讼前，建议您咨询专业律师，以评估案件的胜诉可能性及诉讼成本。

5. 注意事项：

   • 在处理此类问题时，您需要保留好所有相关证据，以便在需要时提供证明。
   • 同时，您也需要了解并遵守相关法律法规和程序规定，以确保自己的权益得到有效维护。

法律背景与依据：

• 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标代理公司应当遵循公平、公正、公开的原则进行招标活动，并不得违规收取费用。
• 如果招标代理公司存在违规收费行为，您有权要求其退还费用，并可以向相关部门投诉或提起诉讼来维护自己的权益。

可能面临的法律后果：

• 如果招标代理公司被确认存在违规收费行为，其可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）以及民事赔偿责任（如退还费用、赔偿损失等）。
• 同时，违规收费行为也可能影响招标代理公司的信誉和业务发展。

建议：

• 在处理此类问题时，建议您保持冷静、理性，并遵循法律程序来维护自己的权益。
• 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到有效维护，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。