核心结论：运输公司以高额违约金为由阻止提档，您可以通过协商、诉讼或仲裁等法律途径解决，具体需结合合同条款和实际情况判断。以下是详细分析：

1. 审查合同条款
   首先需仔细审查您与运输公司签订的合同中关于“提档”和“违约金”的条款。若合同明确约定了提档条件及违约金计算方式，且该条款不违反法律强制性规定（如违约金过高可请求法院调整），则运输公司有权依据合同主张权利。但若条款存在模糊、显失公平或违反法律（如限制提档权属于垄断行为），您可主张条款无效或部分无效。

2. 协商解决
   建议优先与运输公司协商，尝试通过补充协议降低违约金或明确提档流程。协商时需注意保留书面记录（如邮件、聊天记录），以备后续维权使用。若运输公司拒绝协商，可明确告知其违约行为可能面临的法律后果（如诉讼、行政处罚），施加合理压力。

3. 诉讼或仲裁途径

   • 诉讼：若合同未约定仲裁条款，您可向法院提起诉讼，请求确认违约金过高并调整，或要求运输公司履行提档义务。诉讼中需提供合同、沟通记录、损失证明等证据，证明违约金远高于实际损失（根据《民法典》第585条，法院可酌情调整）。
     
   • 仲裁：若合同约定了仲裁条款，需向约定的仲裁机构申请仲裁，程序与诉讼类似，但一裁终局，效率较高。

4. 行政投诉（如适用）
   若运输公司拒绝提档的行为涉嫌违反行业监管规定（如交通运输管理部门对档案管理的规定），您可向当地交通运输主管部门投诉，要求其介入调查并督促运输公司履行义务。

5. 注意事项

   • 证据收集：务必保留合同、付款凭证、沟通记录、损失证明等材料，以支持您的主张。
     
   • 时效性：注意诉讼时效（一般为3年），避免因拖延丧失胜诉权。
     
   • 专业支持：若案件复杂，建议委托律师协助处理，以提高维权效率。

行动建议：

1. 立即整理合同及相关证据，评估违约金合理性；
   
2. 尝试与运输公司协商，并保留书面记录；
   
3. 若协商无果，根据合同约定选择诉讼或仲裁；
   
4. 必要时向行业主管部门投诉，形成多维度压力。
   

如有进一步疑问或需要具体方案，可直接向我咨询。