结论：将村出租60年有效期的种植合同改为20年，并仅由村干部代表签名同意，这一做法在法律上存在诸多问题，通常是不被认可的。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同期限的合法性
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。因此，原合同中约定的60年租赁期限，在法律上只有前20年是有效的，后40年因违反法律规定而无效。
合同修改：
- 若要将原合同期限从60年修改为20年，这实际上是对合同主要条款的重大变更。根据法律规定，合同的变更需要双方当事人协商一致，并签订书面变更协议。
二、村干部代表签名的效力
代表权限：
- 村干部作为村民自治组织的成员，其代表村民签订合同的行为需要得到村民会议或村民代表会议的授权。若未经授权，村干部单独代表村民签订合同，可能构成无权代理，导致合同效力待定或无效。
签名程序：
- 即使村干部得到了授权，其签名同意合同变更的行为也需要符合村民自治组织的决策程序。通常，这需要经过村民会议或村民代表会议的讨论和表决，并形成书面决议。仅由村干部代表签名同意，可能不符合法定程序，影响合同的效力。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若未经合法程序将合同期限从60年修改为20年，并仅由村干部代表签名同意，该变更行为可能因违反法律规定和法定程序而被认定为无效。这可能导致原合同继续有效（但仅限于前20年），或者引发合同纠纷，需要双方通过法律途径解决。
建议：
- 合法程序：若确实需要修改合同期限，应召开村民会议或村民代表会议，讨论并表决通过修改方案，形成书面决议。
- 书面协议：在得到村民会议或村民代表会议的授权后，应与承租方签订书面变更协议，明确变更后的合同期限和其他相关条款。
- 法律咨询：在修改合同前，建议咨询专业律师，确保修改行为符合法律规定和法定程序，避免引发不必要的法律纠纷。
总结：将村出租60年有效期的种植合同改为20年，并仅由村干部代表签名同意，这一做法在法律上存在诸多问题。为确保合同的合法性和有效性，应遵循法定程序，召开村民会议或村民代表会议进行讨论和表决，并与承租方签订书面变更协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。