《公安机关办理刑事案件适用查封、冻结措施有关规定》现行有效。具体分析如下：

1. 文件效力层面
   该规定由公安部于2013年发布（公通字〔2013〕12号），属于部门规章范畴。根据《立法法》及公安部规范性文件管理要求，未被明文废止或宣布失效的规章持续有效。截至当前，公安部未发布废止该文件的公告，因此其法律效力未受影响。

2. 司法实践适用层面
   该规定是公安机关办理刑事案件中查封、冻结措施的核心操作规范，内容涵盖适用范围、程序要求、期限限制及救济途径等。例如：

   • 明确查封、冻结需”与案件有关”（第2条）；
   • 规定冻结存款、汇款期限一般不超过6个月（第23条）；
   • 设定利害关系人异议权（第31条）等。
     这些条款至今仍为公安机关执法提供直接依据，且与《刑事诉讼法》《公安机关办理刑事案件程序规定》等上位法保持一致。

3. 动态更新说明
   需注意两点潜在变化：

   • 上位法修订影响：若《刑事诉讼法》或相关司法解释对查封、冻结程序作出修改，该规定可能需局部调整，但截至目前未出现根本性冲突；
   • 地方细化规定：部分省份公安机关可能出台实施细则，但不得突破该规定的基本框架。

建议：若需具体案件中的程序适用分析（如查封期限计算、救济途径选择等），可直接提供案件细节，我将结合该规定及最新司法实践为您详细解答。