行政许可程序错误的处理方式需根据错误类型及阶段采取不同措施，具体如下：

1. 程序轻微违法但未影响实体权利的处理
   若行政机关在许可过程中存在程序瑕疵（如未书面告知补正材料、期限计算错误等），但未对申请人实质权利造成损害，通常可通过补正程序或确认程序违法但维持结果的方式处理。例如：

   • 根据《行政许可法》第32条，行政机关对申请材料不齐全的，应当场或5日内一次性告知补正内容，若未履行该义务但后续补正的，可视为程序瑕疵，不影响许可效力。
     
   • 若行政机关超过法定期限作出许可，但申请人已实际获得利益（如已开展经营），法院可能判决确认程序违法但不撤销许可（《行政诉讼法》第74条）。

2. 程序严重违法导致实体权利受损的处理
   若程序错误直接剥夺了申请人的陈述权、申辩权或听证权（如未依法举行听证、未告知救济途径等），可能构成程序违法，导致许可被撤销或确认无效：

   • 撤销许可：根据《行政许可法》第69条，行政机关违反法定程序作出许可的，上级机关或法院可依申请或职权撤销许可，并责令重新作出行政行为。
     
   • 确认无效：若程序错误导致许可自始不具备法律效力（如许可主体无权限、超越法定职权），法院可判决确认许可无效（《行政诉讼法》第75条）。
     
   • 国家赔偿：若程序违法导致申请人财产损失（如因许可被撤销导致经营中断），可依据《国家赔偿法》第4条申请行政赔偿。

3. 程序错误后的救济途径

   • 行政复议：申请人可在知道许可决定之日起60日内向复议机关申请复议，要求撤销或变更违法许可（《行政复议法》第9条）。
     
   • 行政诉讼：申请人可在知道许可决定之日起6个月内直接向法院起诉，法院将审查程序合法性并作出判决（《行政诉讼法》第46条）。
     
   • 内部监督：通过行政机关的上级部门或监察部门投诉，要求纠正程序错误（如《行政机关公务员处分条例》第21条）。

4. 实务建议

   • 固定证据：及时保存许可申请材料、受理通知书、告知记录等，证明程序违法事实。
     
   • 区分错误类型：若程序错误仅涉及形式要件（如未盖章），可优先通过补正解决；若涉及核心程序（如未听证），需果断启动复议或诉讼。
     
   • 注意时效：行政救济途径均有严格期限限制，逾期可能丧失权利，建议尽快行动。

提示：行政许可程序错误的处理需结合具体案情分析，如需进一步评估许可类型、错误环节及损害后果，可直接向我咨询，我将结合《行政许可法》及相关司法解释为您提供详细方案。