在索要工程款纠纷案件中，双方是可以约定风险代理费额度的比例的，但这一约定需严格遵循相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、风险代理费的基本概念
风险代理费，通常指的是在委托代理合同中，律师或代理人根据案件结果（如胜诉或获得赔偿）来收取一定比例的费用。这种收费方式在民事诉讼中较为常见，特别是在涉及财产权益的案件中。
二、工程款纠纷案件中的风险代理费约定
合法性：
- 在工程款纠纷案件中，双方当事人可以基于自愿、公平、诚实信用的原则，在委托代理合同中约定风险代理费的比例。这种约定是合法的，只要它不违反法律法规的强制性规定。
限制性规定：
- 需要注意的是，根据《律师服务收费管理办法》等相关规定，对于涉及财产关系的民事案件，特别是诉讼标的额较大或案件情况复杂的，律师或代理人在收取风险代理费时可能受到一定的限制。例如，风险代理费的最高比例可能受到限制，或者在某些特定类型的案件中（如婚姻继承案件、请求支付劳动报酬案件等），风险代理是被禁止的。
- 在工程款纠纷案件中，虽然通常不属于上述禁止风险代理的案件类型，但仍需关注当地司法行政机关或律师协会对于风险代理费的具体规定，以确保约定的合法性。
约定内容：
- 双方当事人在约定风险代理费时，应明确约定代理费的比例、支付方式、支付时间等关键条款。同时，还应约定在何种情况下（如胜诉、部分胜诉、败诉等）代理费应如何支付或调整。
三、法律建议
谨慎约定：
- 双方当事人在约定风险代理费时，应充分考虑案件的具体情况、诉讼风险、代理人的专业能力等因素，谨慎确定代理费的比例和支付方式。
明确条款：
- 委托代理合同中应明确约定风险代理费的相关条款，避免模糊不清或产生歧义。必要时，可以寻求专业律师的帮助来起草或审查合同条款。
遵守法律法规：
- 双方当事人在约定风险代理费时，必须严格遵守相关法律法规的规定，不得违反法律法规的强制性规定或公序良俗。
四、可能的法律后果
如果双方当事人在约定风险代理费时违反了相关法律法规的规定，或者约定的条款存在模糊不清、显失公平等情况，可能会导致合同无效或部分无效。在这种情况下，双方当事人可能需要重新协商代理费的支付方式或比例，甚至可能需要通过法律途径来解决争议。
综上所述，索要工程款纠纷案件中双方是可以约定风险代理费额度的比例的，但需严格遵守相关法律法规的规定，并谨慎、明确地约定相关条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。