雇主责任险在医疗费已由第三者赔付的情况下，通常仍可能根据保险合同约定进行赔付，但需扣除第三者已赔偿的部分，具体赔付情况需结合保险合同条款来确定。以下是详细分析：

1. 保险赔付的基本原则：

   • 雇主责任险主要是为了保障雇主在员工因工作遭受意外伤害或患职业病时，依法应承担的经济赔偿责任。
   • 当员工发生医疗费用时，如果已有第三者（如交通事故中的对方司机、工伤保险等）进行了赔付，这并不影响雇主责任险的赔付原则，但具体赔付金额可能会受到保险合同条款的限制。

2. 保险合同条款的考量：

   • 赔偿顺序与限额：有些雇主责任险合同会明确规定赔偿的顺序和限额。如果合同中规定了在第三者赔付后，保险公司仅对剩余部分进行赔付，或者设定了总的赔付限额，那么就需要按照这些条款来执行。
   • 重复赔付的禁止：为了避免被保险人获得超额赔付，保险合同中通常会包含禁止重复赔付的条款。这意味着，如果员工已经从第三者那里获得了医疗费用的全额赔付，那么雇主责任险通常不会再对这部分费用进行赔付。但如果第三者赔付的金额不足以覆盖全部医疗费用，雇主责任险可能会对剩余部分进行赔付。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 及时报案与提供证据：在员工发生医疗费用后，雇主应及时向保险公司报案，并提供相关的医疗证明、费用清单以及第三者赔付的证明等文件，以便保险公司进行审核和赔付。
   • 与保险公司沟通：如果雇主对保险合同条款或赔付流程有疑问，应及时与保险公司进行沟通，确保自己的权益得到保障。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果保险合同中没有明确规定第三者赔付后的赔付方式，或者规定存在模糊之处，那么可能需要通过法律途径来解决争议。在这种情况下，雇主可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。

建议：在处理此类问题时，雇主应仔细审查保险合同条款，了解赔付的具体规定和流程。如果遇到复杂情况或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。