关于项目转包中实际中标人管理费过了二年以上是否会被没收的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同条款的约定：

   • 首先，要查看转包合同中是否有关于管理费没收的具体条款。如果合同中明确规定了管理费的支付条件、期限以及没收情形，那么当实际中标人未按照合同约定支付管理费，且逾期时间超过二年时，根据合同条款，管理费是有可能被没收的。

2. 法律法规的规定：

   • 在我国，转包行为本身是受到严格限制的，甚至在某些情况下是违法的。如果转包行为违反了法律法规的强制性规定，那么相关的管理费约定也可能被视为无效。在这种情况下，即使过了二年，也不能简单地依据合同条款来没收管理费。
   • 另外，如果管理费的收取本身就不合法（如超过了法定限额或存在其他违法情形），那么无论过了多久，这部分费用都不应被没收，甚至可能需要退还。

3. 实际履行情况：

   • 除了合同条款和法律法规外，还需要考虑实际履行情况。如果实际中标人虽然逾期支付了管理费，但在此期间已经与转包方进行了协商并达成了延期支付的协议，或者转包方在实际操作中并未对逾期支付提出异议，那么在这种情况下，管理费被没收的可能性就会降低。

4. 诉讼时效问题：

   • 还需要注意的是，即使合同中有关于管理费没收的条款，也需要考虑诉讼时效的问题。如果转包方在管理费逾期支付后二年内未提起诉讼或仲裁要求没收管理费，那么根据诉讼时效的规定，转包方可能会丧失胜诉权。但这里需要明确的是，诉讼时效的经过并不直接导致管理费的没收或免除，而是影响转包方通过法律途径主张权利的能力。

建议：

• 如果你作为转包方或实际中标人面临这样的问题，我建议你首先仔细审查转包合同中的相关条款，了解双方的权利和义务。
• 其次，咨询专业的法律人士（比如我，高旭东律师，专注于合同纠纷领域），了解当地的法律法规和司法实践，以便更准确地判断管理费是否会被没收。
• 最后，根据具体情况与对方进行协商或采取法律措施来维护自己的合法权益。

总结：项目转包中实际中标人管理费过了二年以上是否会被没收，取决于合同条款的约定、法律法规的规定、实际履行情况以及诉讼时效等多个因素。因此，在处理这类问题时，需要综合考虑各种因素并咨询专业法律人士的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。