甲方内部查中标单位资料缺失，并不必然构成废标的理由，是否废标需结合具体情况及招标文件规定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 招标文件的规定：

   • 招标文件是招标活动的法律性文件，其中会明确规定废标的情形。如果招标文件中明确规定了“中标单位资料缺失”为废标情形之一，那么甲方在发现中标单位资料缺失时，有权依据招标文件的规定进行废标处理。
   • 如果招标文件中没有明确规定此类情形为废标理由，那么甲方不能仅凭此理由进行废标，否则可能构成违约或违法行为。

2. 资料缺失的性质和影响：

   • 如果资料缺失是关键性的，比如涉及中标单位的资质、业绩、信誉等核心信息，且这些信息对于招标项目的实施至关重要，那么甲方可能会认为中标单位不具备履行合同的能力，从而考虑废标。
   • 如果资料缺失是非关键性的，比如一些辅助性文件或信息，且这些信息对于招标项目的实施影响不大，那么甲方可能不会因此废标，而是会要求中标单位补充相关资料。

3. 法律原则和规定：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规，招标活动应当遵循公平、公正、公开和诚实信用的原则。甲方在废标时，必须确保废标决定符合法律法规的规定，且理由充分、合理。
   • 如果甲方无正当理由废标，或者废标决定违反了法律法规的规定，中标单位有权向有关部门投诉或提起诉讼，要求甲方承担相应的法律责任。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于甲方而言，在发现中标单位资料缺失时，应首先审查招标文件的规定，确定是否构成废标情形。同时，应评估资料缺失的性质和影响，以及是否可能对招标项目的实施造成实质性障碍。
   • 如果甲方决定废标，应确保废标决定符合法律法规的规定，且理由充分、合理。同时，应及时通知中标单位，并说明废标的原因和依据。
   • 对于中标单位而言，如果收到废标通知，应仔细审查废标决定是否符合法律法规的规定和招标文件的要求。如果认为废标决定不合理或违法，可以及时向有关部门投诉或提起诉讼。

总结来说，甲方内部查中标单位资料缺失并不必然构成废标的理由。是否废标需结合招标文件的规定、资料缺失的性质和影响以及法律原则和规定进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。