结论前置：面对公司恶意造谣的情况，员工在申请劳动仲裁的同时，可以采取多种措施来维护自己的合法权益，包括收集证据、向劳动仲裁机构说明情况、寻求法律援助以及考虑提起名誉权侵权诉讼等。

1. 收集证据是关键

• 在面对公司恶意造谣时，员工首先需要做的就是收集相关证据。这些证据可以包括书面材料（如公司内部的邮件、公告、聊天记录等）、证人证言（如同事的证言）、录音录像等。证据的收集应当合法、有效，能够证明公司确实存在恶意造谣的行为，并且这种行为对员工造成了损害。

2. 向劳动仲裁机构说明情况

• 在申请劳动仲裁时，员工应当详细陈述公司恶意造谣的事实，并提供相应的证据。劳动仲裁机构在审理案件时，会综合考虑双方提供的证据和陈述，作出公正的裁决。如果员工能够提供充分的证据证明公司的恶意造谣行为，那么劳动仲裁机构可能会支持员工的诉求，如要求公司公开道歉、赔偿损失等。

3. 寻求法律援助

• 如果员工在处理此类纠纷时感到困惑或无助，可以寻求专业的法律援助。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我可以为员工提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工更好地维护自己的合法权益。

4. 考虑提起名誉权侵权诉讼

• 除了劳动仲裁外，员工还可以考虑向法院提起名誉权侵权诉讼。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，任何组织或者个人不得以侮辱、诽谤等方式侵害他人的名誉权。如果公司的恶意造谣行为确实对员工的名誉造成了损害，那么员工有权要求公司承担侵权责任，包括停止侵害、恢复名誉、消除影响、赔礼道歉以及赔偿损失等。

5. 注意事项

• 在处理此类纠纷时，员工应当保持冷静和理性，避免采取过激行为。同时，员工也应当注意保护自己的个人信息和隐私，避免在公开场合或网络上泄露过多个人信息。
• 另外，员工在申请劳动仲裁或提起诉讼前，应当仔细了解相关法律法规和程序要求，确保自己的诉求能够得到合法、有效的支持。

最后建议：面对公司恶意造谣的情况，员工应当积极采取措施来维护自己的合法权益。如果你在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助。