结论前置：在综合工时制下，加班费计算仅按基本工资来算，通常是不合法的。

法律规定与依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，以及《工资支付暂行规定》的相关内容，加班费的计算基数应当遵循劳动合同的约定，且不得低于劳动者本人所在岗位相对应的工资标准。若劳动合同或集体合同未明确约定，则应按照劳动者本人正常劳动应得的工资来确定。这里的“正常劳动应得的工资”不仅包含基本工资，还可能涵盖绩效工资、奖金、津贴等货币性收入。

加班费计算标准

在综合工时制下，加班费的计算同样需要遵循上述原则。具体来说：

1. 工作日加班费：月工资（含基本工资、绩效工资、津贴等）÷21.75÷8×加班小时数×1.5倍。
2. 双休日加班费（若不能安排补休）：月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×2倍。
3. 法定节假日加班费：月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×3倍。

工资构成与计算基数

• 基本工资：是劳动者所得工资额的基本组成部分，具有相对稳定性，但仅是工资的一部分。
• 标准工资：则包含基本工资、岗位工资、职务工资等固定收入，是计算加班费时应采用的基准。

特殊情况说明

• 若劳动合同中明确约定了加班费计算基数为基本工资，并且该约定不低于当地最低工资标准，那么按照基本工资计算加班费是合法有效的。然而，这种情况在实际操作中较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
• 如果用人单位仅以基本工资作为衡量加班工资的标准，而未考虑其他货币性收入，那么其行为通常是不合法的。

劳动者权益保护与行动建议

• 权益保护：劳动者有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费，如果发现用人单位计算加班费的方式不合法。
• 行动建议：
  1. 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付加班费。
  2. 投诉：如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政帮助。
  3. 仲裁：劳动者还可以选择申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

举例说明

假设某劳动者的月工资由基本工资3000元、绩效工资1000元和津贴500元组成，总计4500元。在综合工时制下，如果该劳动者在一个月内加班了20小时（工作日），那么其应得的加班费计算如下：

加班费 = 4500元 ÷ 21.75 ÷ 8 × 20小时 × 1.5倍 ≈ 775.86元

如果用人单位仅按基本工资3000元来计算加班费，那么劳动者应得的加班费将少于上述金额，这是不合法的。

综上所述，在综合工时制下，加班费计算仅按基本工资来算通常是不合法的。用人单位应当严格按照劳动法规定，以劳动者正常劳动应得的全部工资为基准，合理计算并支付加班费。如果劳动者遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会提供进一步的法律帮助。