两家单位的公章在盖章时部分重叠，这一行为本身并不直接决定其合规性，关键在于重叠是否影响了公章的清晰可辨以及是否违反了相关法律法规或合同约定。以下从不同角度进行分析：

1. 公章的清晰可辨性：

   • 公章作为单位身份和权力的象征，其清晰可辨性至关重要。如果两家单位的公章在盖章时部分重叠，导致公章内容模糊、难以辨认，那么这可能会引发一系列法律问题，如合同效力争议、文件真实性存疑等。
   • 建议：在盖章时，应确保公章清晰、完整，避免重叠或模糊，以确保文件的法律效力和真实性。

2. 法律法规的遵守：

   • 目前，并没有明确的法律法规直接规定两家单位公章不能重叠盖章。但是，如果重叠盖章的行为违反了特定行业或领域的规定（如金融、证券等行业的严格监管要求），或者违反了合同中的特定约定（如合同中明确规定了盖章的方式和位置），那么这种行为就可能被视为不合规。
   • 建议：在盖章前，应仔细审查相关法律法规和合同约定，确保盖章行为符合所有要求。

3. 合同效力和文件真实性：

   • 如果两家单位在合同或文件上盖章时部分重叠，且这种重叠影响了公章的清晰可辨性，那么这可能会引发对合同效力或文件真实性的质疑。在极端情况下，这甚至可能导致合同被认定为无效或文件被拒绝承认。
   • 建议：为了避免这种风险，两家单位在盖章时应尽量保持公章的独立和清晰。如果确实需要同时盖章，可以考虑使用不同的颜色或大小的公章，或者采用其他方式来区分两个单位的盖章。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，如果两家单位需要共同在一份文件上盖章，建议先协商好盖章的顺序和位置，以确保公章的清晰可辨。
   • 如果已经发生了公章重叠的情况，且该文件已经产生法律效力或涉及重要利益，建议及时咨询专业律师，评估风险并采取相应的补救措施。

总结来说，两家单位的公章在盖章时部分重叠并不一定不合规，但关键在于是否影响了公章的清晰可辨性以及是否违反了相关法律法规或合同约定。为了避免潜在的法律风险，建议在盖章前仔细审查相关规定和合同约定，并确保公章的清晰和独立。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。