单位通常不应有两个公章，持有两个公章在一般情况下是违法的，但在特定情况下可能存在例外。以下是对这一问题的详细分析：

一、公章的唯一性与法律规定

根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》等相关法规，一个单位原则上只能拥有一枚经过合法备案的公章。这一规定旨在维护公章的唯一性、权威性和社会经济秩序的稳定。公章作为单位对外行使职权的重要象征，代表单位意志，在签订合同、出具证明等重要事务中具有确定性的法律效力和公信力。

二、多枚公章可能引发的风险与问题

1. 管理混乱：多枚公章容易导致使用上的混淆，难以区分其效力和适用范围，从而增加纠纷和风险。例如，在合同签订过程中，如果使用不同的公章，可能会引发合同效力的争议。
2. 交易安全疑虑：若存在多枚公章，对方在交易时可能无法确定哪一枚是真实有效的，进而影响交易的安全性和信任度。这可能导致交易对方对单位的信誉产生质疑，甚至拒绝交易。
3. 法律责任：未经合法备案程序私自刻制并使用第二个公章，将属于违法行为。单位可能会面临公安机关的行政处罚，并在合同签订、文件签署等场景下引发合同效力的争议，给交易相对方带来困惑和风险。

三、特殊情况下“两个公章”的存在与合理性

尽管一般情况下单位只能有一枚公章，但在特定情况下可能存在多枚印章并存的情况。这些情况通常包括：

1. 新旧公章交替：当单位因名称变更、公章损坏或其他合理原因需要更换公章时，新旧公章可能会在一定时间内并存。但此情况通常有明确的时间限制，并通过公告等方式告知相关方，以确保过渡期间的秩序和安全性。
2. 不同用途的专用章：除了法定公章外，单位可根据业务需要刻制财务专用章、合同专用章等。这些专用章在特定范围内具有法律效力，但与法定公章在性质和用途上有明确区别。所有专用章都必须在公安局进行备案，并严格遵守相关法律法规和公司章程的规定使用。

四、法律建议与风险防范

1. 严格管理公章：单位应建立健全印章管理制度，确保公章的唯一性和合法性。明确公章的使用范围、权限和责任，防止因管理不善导致的法律风险。
2. 合规使用公章：在使用公章及专用章时，必须遵守相关法律法规和公司章程的规定。确保每次使用的合法性和有效性，避免因违规使用而引发的法律纠纷。
3. 及时咨询与处理：对于公章的使用和管理，如有任何疑问或担忧，建议及时向我咨询以获取准确的法律意见和指导。如果发现单位存在私自刻制并使用第二个公章的情况，应立即停止使用并销毁该公章，同时向公安机关报告并接受处理。

单位在一般情况下不应有两个公章。如果确实存在特殊情况需要使用多个印章，必须严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保印章的合法性和有效性。如果有任何关于公章使用和管理的法律问题，可以直接向我咨询。