结论前置：员工违反公司规定时，公司直接对员工进行罚款在大多数情况下是不合法的，但公司可以依据合法有效的规章制度对员工进行经济处罚（非罚款性质），且需确保处罚的合理性和合法性。同时，公司也可以因员工违规行为给公司造成经济损失而要求员工赔偿，但赔偿方式需符合法律规定。
一、罚款的合法性分析
法律原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律，用人单位没有直接对劳动者进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，仅由国家特定的行政机关依法实施，企业并非行政机关，因此不具备罚款权。
不合法的情况：
- 若公司直接以“罚款”名义扣除员工薪资，如因员工上班迟到、旷工等直接处以罚款，这种行为在法律上是缺乏依据的，属于不合法行为。
二、合法经济处罚的条件与方式
规章制度合法有效：
- 公司可以基于合法有效的规章制度对违反规定的员工进行经济处罚，但该规章制度必须经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并已向劳动者公示或告知。
- 经济处罚应具合理性，与员工的违规行为相对应，且处罚金额需在合理范围内，如不超过当月工资的20%（若因员工原因造成经济损失需赔偿时）。
合法处罚方式：
- 除了经济处罚外，公司还可以采取行政处分（如警告、记过等）、辞退以及除名等合法方式对违规员工进行处罚。
- 这些处罚方式应遵循合法、合理和善意的原则，确保不侵犯员工的合法权益。
三、员工违规造成经济损失的赔偿
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
实际操作：
- 公司在要求员工赔偿经济损失时，需有充分证据证明员工确实违反了相关规定并给公司造成了经济损失。
- 赔偿方式需符合法律规定，不得侵犯员工的合法权益，如不得通过非法手段强迫员工赔偿或超额扣除员工工资。
四、员工权益保护与建议
了解规章制度：
- 员工应仔细阅读并了解公司的规章制度，确保自己清楚哪些行为是违规的以及可能面临的处罚。
维护合法权益：
- 若员工认为公司对其的处罚不合法或不合理，可首先与公司协商要求解释处罚原因并争取恢复正常的工资待遇。
- 若协商无果，员工可向当地的劳动监察大队投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁以维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 在处理此类纠纷时，员工可以向我咨询相关法律问题以获取更专业的法律建议和支持。
总结与建议：公司在处理员工违规行为时，应确保规章制度的合法性和程序的正当性，避免采取违法的罚款措施。同时，公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的纪律意识和法律意识。员工在面临此类问题时，应了解自己的权益并采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。