妨害动植物防疫、检疫罪在构成犯罪的情况下，是会没收违法所得的，但这通常是在行政处罚阶段进行，若案件进入刑事诉讼阶段，违法所得的没收可能作为刑罚的一部分或通过追缴程序实现。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国刑法》第三百三十七条的规定，违反有关动植物防疫、检疫的国家规定，引起重大动植物疫情，或者有引起重大动植物疫情危险且情节严重的行为，构成妨害动植物防疫、检疫罪。该条款主要规定了刑罚，即三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。对于单位犯罪的情况，法律对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照前款规定进行处罚。
同时，根据《中华人民共和国动物防疫法》和《中华人民共和国进出境动植物检疫法》的相关规定，对于违反动植物防疫、检疫规定的行为，除了可能构成犯罪外，还会受到行政处罚，其中包括没收违法所得。
二、没收违法所得的适用
行政处罚阶段：
- 在行政处罚阶段，如果行为人违反了动植物防疫、检疫的相关规定，但尚未构成犯罪，或者虽然构成犯罪但尚未进入刑事诉讼程序，相关部门（如动物卫生监督机构）有权根据法律规定对行为人进行行政处罚，包括没收违法所得。
刑事诉讼阶段：
- 如果行为人的行为已经构成妨害动植物防疫、检疫罪，并且案件进入了刑事诉讼阶段，那么违法所得的没收可能作为刑罚的一部分（如罚金）或者通过追缴程序实现。在刑事诉讼中，法院会根据案件的具体情况，判决行为人承担相应的刑事责任，包括没收违法所得（如果违法所得与犯罪行为直接相关且尚未被行政处罚没收）。
三、实际操作中的考虑
- 违法所得的认定：在实际操作中，违法所得的认定是一个关键问题。相关部门或法院需要准确判断哪些收入属于违法所得，这通常需要依据相关证据和法律规定进行。
- 程序衔接：在行政处罚与刑事诉讼之间，需要确保程序的顺畅衔接。如果行为人在行政处罚阶段已经被没收了违法所得，那么在刑事诉讼中就不应再重复没收。
- 量刑情节：违法所得的数额和性质也可能作为量刑情节考虑。例如，如果违法所得数额巨大或者性质恶劣，可能会加重行为人的刑事责任。
四、建议
- 遵守法律法规：为了避免触犯妨害动植物防疫、检疫罪以及相关的行政处罚，建议个人和单位严格遵守动植物防疫、检疫的相关法律法规。
- 及时咨询：如果面临相关法律问题或疑虑，建议及时向我咨询，以便获得准确的法律意见和帮助。
综上所述，妨害动植物防疫、检疫罪在构成犯罪的情况下，是会涉及没收违法所得的，但具体实现方式可能因案件阶段和具体情况而有所不同。