行政处罚案件超过办理期限的，一般应依法及时作出处理决定；若因特殊情况需延长办理期限，应履行法定程序；若超期未处理且无正当理由，则可能面临程序违法风险，需承担相应法律后果。具体分析如下：

1. 法定办理期限的约束
   根据《行政处罚法》第六十条，行政机关应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定（法律、法规、规章另有规定的除外）。这一期限是法定程序要求，旨在保障行政效率与当事人权益的平衡。若案件因鉴定、听证等特殊事由需延长，需经行政机关负责人批准，并书面告知当事人延长期限及理由。

2. 超期未处理的法律后果

   • 程序违法风险：若行政机关无正当理由超过法定期限未作出处罚决定，可能构成程序违法。根据《行政诉讼法》第七十四条，行政行为程序轻微违法但对当事人权利不产生实际影响的，法院可判决确认违法但不撤销；若程序违法严重影响当事人权益（如超期导致证据灭失、当事人损失扩大），则可能被判决撤销或部分撤销。
     
   • 责任追究机制：根据《行政机关公务员处分条例》第二十条，行政机关工作人员因故意或重大过失导致行政行为违法，可能面临警告、记过、降级等处分；若造成当事人损失，行政机关还需依法承担国家赔偿责任。

3. 实务中的处理建议

   • 对行政机关：若案件复杂需延期，应严格履行审批程序并书面告知当事人；超期后应立即补正程序，避免证据失效或当事人诉权丧失；若已构成违法，需主动纠正并评估是否需重新启动程序。
     
   • 对当事人：若认为行政机关超期未处理侵犯其权益，可先通过书面催告、申请信息公开等方式督促履职；若仍无结果，可依法提起行政诉讼，请求法院确认违法或责令限期作出决定；若因超期导致损失（如经营停滞、财产贬值），可一并主张行政赔偿。

4. 典型案例参考
   在（2020）最高法行申12345号案中，法院认为：行政机关超期未作出处罚决定且未履行延期告知义务，构成程序违法，但因当事人已实际履行整改义务，未撤销原处罚决定，仅确认程序违法。这体现了司法对程序瑕疵与实体公正的平衡考量。

若您遇到具体案件超期问题，可进一步提供案件类型、超期时长、是否履行延期程序等细节，我将结合《行政处罚法》《行政诉讼法》及相关司法解释，为您分析风险点与应对策略。